В Петербургскую духовную академию Болотов сдал экзамены вторым, но уже на первом курсе удивил преподавателя Нурока: выучил английский язык чуть ли не за семестр. Углубленно изучал латынь, древнеэфиопский язык гэыз, амхарский, коптский, а также армянский, грузинский, турецкий, мадьярский, персидский…
Советом академии, учась на третьем курсе, был принят на кафедру церковной истории, заместив умершего И.В. Чельцова. Полтора года ожидали, когда Болотов защитит диссертацию на степень магистра. Эта диссертация «Учение Оригена о Святой Троице», отмеченная премией митрополита Иосифа, принесла молодому богослову известность, его мнение стало авторитетным. В 1885 году Болотова утвердили в звании экстраординарного профессора академии. В 1896 году – ординарного. Докторской степени не защищал, но труды его были фундаментальны, и в 1893 году он избран в члены-корреспонденты Императорской академии наук. Состоял делопроизводителем Комиссии Святейшего Синода по старокатолическому вопросу, составил двадцать семь тезисов о филиокве, был редактором чиноприема сиро-халдейских христиан, пожелавших воссоединиться с Православной церковью, принимал участие в Комиссии по вопросу о реформе календаря и незадолго до кончины получил приглашение занять кафедру церковной истории в Петербургском университете. Умер на сорок шестом году, пережив свою мать на десять месяцев.
Среди преподавателей во времена учебы Беллавина особенно популярны были В.И. Ламанский – читал лекции по славянской филологии, Я.И. Каринский – профессор кафедры метафизики, И.Ф. Нильский – знаток церковного раскола, Н.В. Покровский – заведующий Церковно-археологическим музеем, профессор церковной археологии, И.Е. Троицкий – редактор «Христианского чтения», профессор по кафедре истории и разбора западных исповеданий.
Первокурсникам было незаметно, однако жизнь академии менялась не только потому, что Святейший Синод ввел новый устав – порядки и сам академический дух обновлял новый ректор. Эпоха белого духовенства в академии кончилась. В 1883 году протоиерей Иоанн Леонтьевич Янышев, бывший ректором семнадцать лет, получил назначение во дворец и высший для белого духовенства сан протопресвитера.
Протопресвитеров в державе Российской было четверо. Протопресвитер Большого придворного собора и московского Благовещенского, глава придворного духовенства, духовник их императорских величеств – именно на эту должность и был взят Иоанн Янышев; второй по значению –