С начала 1922 г. НКП играет второстепенную роль в реформе. Проекты сначала подготавливаются представителями ГПУ, затем утверждаются на заседаниях Политбюро и затем передаются в НКП в виде четких, однозначных «директив». 8 и 12 июня 1922 г. работник ГПУ И. С. Уншлихт представил в Политбюро отчет, содержавший рекомендации по урегулированию положения в вузах, которые были приняты с рядом незначительных поправок[32]. Кроме того, на заседании Политбюро 12 июня 1922 г. было принято решение выслать наиболее непримиримых профессоров за границу: «Предложить ВЦИК издать постановление о создании особого совещания из представителей НКИД [Народный комиссариат иностранных дел] и НКЮ [Народный комиссариат юстиции], которому предоставить право в тех случаях, когда имеется возможность не прибегать к более суровому наказанию, заменять его высылкой за границу или в определенные пункты РСФСР ‹…›. Для окончательного рассмотрения списка подлежащих высылке верхушек враждебных интеллигентских группировок образовать комиссию в составе тт. Уншлихта, Курского и Каменева»[33]. В ночь с 16 на 17 августа все профессора, списки которых были подготовлены Уншлихтом и утверждены Политбюро ЦК, были арестованы[34]. После непродолжительного содержания в тюрьме и коротких допросов всем им было предложено в течение месяца покинуть Советский Союз, подписав предварительно предупреждение, что в случае нелегального возвращения на родину они будут расстреляны[35]. Стратонов согласился на высылку вместе с семьей и был отпущен для подготовки к ней.
После освобождения Стратонов немедленно встретился с В. Г. Фесенковым и получил от него согласие стать председателем Организационного комитета ГРАФО. Вскоре после этого было созвано экстренное заседание астрофизического совещания, на котором Стратонов формально сложил