После ареста А.И. Тодорского обязанности начальника УВВУЗа принял его заместитель бригинженер Н.Г. Бруевич. По его приказу от 17 декабря 1938 г. была создана комиссия из трех человек (председатель В.В. Орловский) с задачей установления фактов вредительской деятельности со стороны Тодорского. Всего неделю потребовалось комиссии, чтобы составить пространный акт, состоявший из четырех разделов.
В первом разделе указывается, что Тодорский тормозил ликвидацию последствий вредительства в подчиненных ему академиях. Заставлял аппарат УВВУЗа работать вхолостую. Делал поблажки врагам народа Авиновицкому (начальнику Военно-химической академии. – Н.Ч.), Пугачеву (начальнику Военно-транспортной академии. – Н.Ч.), Тризне (начальнику Артиллерийской академии. – Н.Ч.) и другим руководителям военно-учебных заведений.
Во втором разделе отмечается, что Тодорский противодействовал живому руководству и инструктажу академий, а большинство инспекций и поездок в высшие военно-учебные заведения были проведены против его воли.
В третьем разделе Тодорский обвиняется в том, что он слабо занимался командирской подготовкой руководящих кадров академий, мало вникал в нужды их оперативно-тактических кафедр.
Четвертый раздел посвящен недостаткам его работы по руководству деятельностью аппарата УВВУЗа.
Основные положения данного акта нашли свое отражение в обвинительном заключении, хотя еще на стадии предварительного следствия Тодорский достаточно легко опровергал все позиции, изложенные в нем. Этот документ Александр Иванович характеризовал не иначе, как «голый перечень повседневных будничных неполадок, присущих любому учебному заведению» [97].
Семь с половиной месяцев А.И. Тодорского истязали в Лефортовской тюрьме. Там же состоялся и так называемый суд над ним. В своем заявлении главному военному прокурору он пишет об этом так: «Судила меня в следственном кабинете Лефортовской тюрьмы 4.5.1939 г. Военная коллегия Верхсуда СССР в составе председателя Алексеева и членов Детистова и Суслина. Последние двое работают, кажется, в Верхсуде и сейчас, и могут подтвердить, в каком виде предстал я перед ними, поскольку им долго пришлось находить что-нибудь общее между моей фотокарточкой при аресте и полуживым оригиналом на суде. Военной коллегии я заявил о своей невиновности.
Надо отдать справедливость суду, что хотя мое дело и было рассмотрено им впопыхах, в течение 15 минут, без свидетелей и прочих элементарных формальностей, однако он успел опровергнуть наиболее кричащие вымыслы Кобулова, но, к сожалению, правильную линию