Чтобы попасть во второй корпус, Снейку приходится с миноискателем пройти напичканный минами участок пустыни, собственными минами подорвать танк и преодолеть блокпост, прикинувшись вражеским офицером. Внутри корпуса его ожидает множество врагов и лабиринт полных отравы коридоров, но в итоге он вроде как добирается до доктора Петровича – тот лежит в подвале связанный. Вот только на самом деле это лишь актер, прикидывающийся создателем «Метал гира»! Когда Снейк пытается его развязать, в полу открывается люк, куда Снейк чуть не падает. И вновь ему нужно собирать подсказки и гнаться за бесценным ученым – на сей раз с помощью члена сопротивления по имени Дженнифер.
Однако все не так просто. Дженнифер готова помочь – но только если Снейк заслужит ее уважение, освободив достаточно пленных. В игре это целая механика: освобождая пленных, игрок получает звезды, и чем больше у Снейка звезд, тем у него больше здоровья, боеприпасов и пайков, пополняющих здоровье. А у неуловимого доктора Петровича есть свои требования: он готов поделиться секретами, только если Снейк отыщет и спасет его дочь Элен, которую тоже держат в плену где-то на базе. В общем, снова трудиться.
Но вот Элен спасена, и Петрович раскрывает удивительный секрет, который позволит уничтожить «Метал гир»: оказывается, для этого нужно взорвать у ног гигантского робота заряды пластиковой взрывчатки в определенном порядке. Нет, логики в этом мало, просто на большее MSX2 была тогда не способна. Петрович называет Снейку правильный порядок действий (по крайней мере, основную его часть – у какой ноги взорвать заряд С4, ему все равно придется гадать) и указывает дорогу к корпусу базы, где и стоит «Метал гир».
Чтобы добраться до этого корпуса, Снейку снова нужно пересечь пустыню – на сей раз полную ядовитых скорпионов. Кроме того, через нее не пробраться без компаса – его надо было найти заранее. Когда Снейк наконец добирается до третьего корпуса, его ждет неприятный сюрприз: напротив входа припаркованы целые ряды грузовиков с бесчисленным множеством солдат. Но стоит тем кинуться на одетого в зеленое противника, положившего столько их товарищей, как на связь внезапно выходит Биг Босс – и велит Снейку проникнуть в самый правый грузовик.
Если сесть в грузовик, случится неожиданное: Снейка отвезут обратно к первому корпусу, откуда и началась операция! Если не послушаться Биг Босса, вернуться к третьему корпусу и все же пролезть внутрь, вслед за Снейком ринется спецотряд. Когда тот побежден, командир снова вызывает Снейка и направляет его в помещение слева. Что внутри? Смертельная ловушка – проваливающийся пол! Здесь что-то сильно не так.
Но бросить операцию Снейк не может. Он находит способ проплыть по водопроводу базы, миновав череду помещений с ловушками, и в итоге с ним выходит на связь Кайл