Очевидное несоответствие этой интерпретации определению фонемы в «Проекте» пражской фонологической терминологии (см.: [Булыгина 1964: 79–80]) послужило поводом для оживленной дискуссии на страницах TCLP, следствием которой явилось новое осмысление фонологической единицы как терма минимального фонологического различия (см.: [Вахек 1967: 90]). Но и с этими дополнениями пражская теория нейтрализации оставляла почву для внутренней противоречивости. Формула немаркированного коррелята «архифонема + нуль», при отсутствии специального обсуждения семиотичности этого нуля, становится эквивалентной формуле «архифонема», ср.: «фонема типа b содержит две фонологические единицы – единицу р и единицу ‘звонкость’» [Там же: 91]. Это в свою очередь провоцирует понимание оппозиции как «архифонема»: «архифонема + марка», т. е. оппозиция фонем превращается в оппозицию части и целого. Таково следствие нечеткости, вернее недоговоренности, в формулировке Трубецкого: «…les termes d’une opposition supprimable se décomposent phonologiquement en ‘archiphonème + qualité spécifique’» [Trubetzkoy 1936b: 13]. Указанное противоречие было бы невыводимо из этой формулировки, если бы нуль интерпретировался как значимое отсутствие признака, т. е. тоже как «qualité spécifique», но это создало бы, в рамках комментируемой теории, трудности при определении маркированности, которая и была введена как «трансцендентальная категория», позволяющая переходить от фонемы в оппозиции к архифонеме в нейтрализации. При внесении же описанных коррективов определение маркированности стало бы сугубо эвристическим фактом (ср.: [Шаумян 1962: 138–139; Вazell 1956]).
Принципиально иной подход к описанию нейтрализации декларирован Московской фонологической школой (МФШ). В противоположность упомянутым выше фонологическим направлениям, московская теория нейтрализации сосредоточивает внимание не на совпадении (отсутствии различия), а на сохранении различия, но на более высоком уровне, т. е. «на первый план выдвигается момент функциональной значимости» [Кузнeцов 1941: 148]. Центральной идеей этого подхода является идея групповой различимости, сформулированная А. А. Реформатским еще в начале 30-х годов, в период его увлечения лингво-полиграфической проблематикой [Реформатский 1933: 49]. В. Н. Сидоровым была введена специальная единица – самим автором, впрочем, нигде в печати не отраженная – для уровня групповой различимости, названная гиперфонемой. В европейской фонологии коррелятом данного понятия может быть архифонема, но лишь в чисто терминологическом аспекте. По существу же это понятие противоположно понятию архифонемы как в его отношении