История с университетским судом сделала Рунича притчей во языцех. Издевался над ним не только Николай Павлович, но и литераторы. Так, А. Ф. Воейков, в своей знаменитой сатире «Дом сумасшедших» писал:
Други, признаюсь: из кельи,
Уши я, зажав, бежал…
Рядом с ней на новосельи
Рунич бегло бормотал:
«Вижу бесов пред собою;
От ученья сгибнул свет…
Этой тьме Ньютон виною
И безбожник Боссюэт!
Локк запутал ум наш в сети,
Геллерт сердце обольстил;
Кантом бредят даже дети,
Дрекслер нравы развратил!»
За свои заслуги в борьбе с инакомыслием Рунич был назначен попечителем Петербургского учебного округа, но проявил себя как совершенно бездарный администратор. Решения, которые он принимал единолично, без консультаций с профессорским корпусом, были весьма непопулярными и в конечном счете привели университет к тяжелому финансовому кризису. Одно из таких решений, на реализацию которого ушло много средств, состояло в том, что в 1822 г. университет был переведен из здания Двенадцати коллегий на Семеновский плац (напротив казарм Семеновского полка), куда было тяжело добираться и студентам, и профессорам, жившим на Васильевском острове. В 1826 г. Николай I отстраняет Рунича от должности попечителя и отдает распоряжение о начале следствия над ним. В «Обозрении состояния Императорского Санкт-Петербургского университета и его округа по хозяйственной и учебной части за 1826 г.» указывалось, что в результате деятельности Рунича на посту попечителя «университет лишился одиннадцати профессоров, из коих одни, принужденные обстоятельствами, сами оставили оный, а другие были отставлены» [Рождественский (ред.), 1919, с. 603].
Разгром университета в 1821 г. наряду с некоторыми другими причинами, как отмечается в «Отчете по Санкт-Петербургскому университету и его округу за 1826 г.», воспрепятствовали ему «возвыситься до такой же степени, на которой находятся другие того же названия учебные заведения в России» [Рождественский (ред.), 1919, с. 597]. Разрушить всегда легче, чем создать. По словам П. Н. Милюкова, «последствием грозы… была замена лучших профессоров поколением совершенных ничтожностей» [Милюков, 1994, с. 287]. Оценивая в целом историческое значение того поворота в политике Министерства народного просвещения, который произошел в последний период царствования Александра I, А. А. Корнилов писал: «…народное… просвещение, сильно двинувшееся было вперед в начале царствования, теперь было подавлено,