К чести тогдашнего попечителя Санкт-Петербургского учебного округа Уварова, он не поддержал новый курс министерской политики. В письме к своему другу Карлу фон Штейну – прусскому государственному деятелю и советнику Александра I, осуществившему глубокие реформы в различных сферах общественной жизни Германии, в частности отменившему крепостное право в этой стране, Уваров писал: «Состояние умов теперь таково, что путаница мысли не имеет пределов. Одни хотят просвещения безопасного, то есть огня, который бы не жег; другие (а их всего более) кидают в одну кучу Наполеона и Монтескье, французские армии и французские книги… бредни Шишкова и открытия Лейбница; словом, это такой хаос криков, страстей, партий, ожесточенных одна против другой, всяких преувеличений, что долго присутствовать при этом зрелище невыносимо; религия в опасности, потрясение нравственности, поборник иностранных идей, иллюминат, философ, франмасон, фанатик и т. п.; словом – полное безумие. Каждую минуту рискуешь компрометироваться или сделаться исполнительным орудием самых преувеличенных страстей» (цит. по: [Рождественский (ред.), 1919, с. XXXVIII]).
Жизнь показала, что Уваров шел против течения и потому терпел одно поражение за другим. Именно он открыто выступил против нового попечителя Казанского учебного округа М. Л. Магницкого, осуществившего разгром Казанского университета. В этой борьбе, однако, победил М. Л. Магницкий. Его идея о закрытии Казанского университета была поддержана министром Голицыным, но Александр I все же не решился утвердить этот план. В свою очередь, проект нового устава Санкт-Петербургского университета, разработанный Уваровым в 1820 г. без учета нового курса политики министерства, был заблокирован стараниями Магницкого, а также архиепископа Филарета и Рунича. В результате Устав Санкт-Петербургского университета так и не был утвержден.
В начале 1821 г. директор Санкт-Петербургского университета Д. А. Кавелин, отец известного публициста и общественного деятеля К. Д. Кавелина, воспользовался тем, что учащиеся Благородного пансиона при Санкт-Петербургском университете совершили небольшое нарушение дисциплины и написал письмо Уварову, в котором утверждал, что данный инцидент свидетельствует о грубых просчетах в организации учебного процесса и в преподавании общественных наук. В частности, в письме указывалось на необходимость составить для пансиона такие курсы философии, естественного права, истории и политической экономии, «кои бы не только не противоречили учению Откровения, но, не закрывая мраком лжемудрия, по истине его подтверждали», а «всех ненадежных по совести в сем смысле преподавателей» он предлагал заменить другими по выбору директора, то есть его самого (цит. по: [Рождественский (ред.), 1919, с. XLI]).
Уваров весьма критически отнесся к этим предложениям. В частности, он писал министру Голицыну: «Что же касается до того, чтобы основать политическую экономию на Откровении, то я сию мысль не постигаю» (цит. по: [Рождественский