Характерные черты периода: рассмотрение мелиорации земель в нормативно-правовых актах не только при регулировании использования земель сельскохозяйственного назначения, но и рамках института охраны земель; установление императивного запрета на изъятие особо ценных продуктивных земель; закрепление перечня мер экономического стимулирования рационального использования и охраны земель; провозглашение комплексного подхода к охране угодий.
Данный период характеризуется проведением аграрной и земельной реформ, имевших катастрофические последствия для дальнейшего развития сельского хозяйства[108] и, в частности, мелиорации земель. Начало реформ заложил Указ Президента РФ от 27.12.1991 № 323 «О неотложных мерах по осуществлению земельной реформы в РСФСР». Главными их результатами стали появление множества форм собственности на земли, реорганизация колхозов и совхозов с разделением земли и имущества соответственно на доли и паи работников, создание фермерских хозяйств.
Наблюдается общий упадок в развитии сельского хозяйства в стране. Мелиоративные работы в силу недостаточного государственного финансирования, осуществлявшегося по «остаточному» принципу, практически перестали выполняться. От 5 до 17 % площадей земель, улучшенных за счет проведения гидромелиоративных работ, ежегодно не засевались[109]. Отдельные мелиоративные системы фактически попали в разряд бесхозяйных: осуществлять их содержание и ремонт оказалось некому.
Принятый в 2001 г. новый ЗК РФ закрепил лишь общую обязанность собственников, пользователей и арендаторов земельных участков по сохранению достигнутого уровня мелиорации (ст. 13).
Главным событием данного периода стало принятие Закона о мелиорации, который стал комплексно регулировать отношения в области мелиорации земель. На данный Закон возлагались особые надежды по разрешению существовавших проблем. Однако он не смог в полной мере урегулировать все необходимые вопросы, так как многие его нормы не имеют прямого действия, а призванные их развивать подзаконные акты, как правило, еще не приняты. Кроме того, он содержит ряд противоречий и неопределенностей.
В связи с проявляющейся общей тенденцией ухудшения состояния земель, включая почвы, были разработаны на соответствующий период федеральные целевые программы, предусматривающие проведение на основе комплексного подхода мероприятий по сохранению, восстановлению земель и повышению плодородия почв. Среди них можно выделить: Постановление Правительства Российской Федерации от 17.11.1992 № 879 «О государственной комплексной программе повышения плодородия почв» (до 2000 г.), Постановление Правительства Российской Федерации от 08.11.2001 № 780 «О федеральной целевой программе «Повышение плодородия почв России на 2002–2005 годы», Постановление Правительства Российской Федерации от 20.02.2006 № 99 «О федеральной