Этот важнейший пост Шапошников занимал с короткими перерывами до августа 1940 года, когда Сталин назначил его заместителем Наркома обороны. Объемистый, насыщенный фактической информацией и глубоким анализом труд Шапошникова «Мозг армии», создававшийся с 1927 по 1929 год, внес существенный вклад в создание в 1935 году Генерального штаба Красной Армии. Никогда не склонный к идеологической деятельности (в партию его приняли только в 1939 году) [37], Шапошников часто выражал несогласие со Сталиным относительно оборонительной стратегии Красной Армии, в том числе и при довоенном планировании советской обороны. Тем не менее репрессии его не коснулись – вероятно, потому, что Сталин не опасался этого эрудированного штабного офицера, более того, демонстративно уважал его спокойную манеру поведения. Странные отношения Шапошникова со Сталиным подчеркивались еще и тем, что маршал был одним из немногих, к кому Сталин обращался по имени и отчеству.
В начале 1940 года Шапошников был снят с поста начальника Генерального штаба – внешне якобы в связи с разгромом Красной Армии в ходе советско-финской войны.[38] Однако в июле 1941 года Сталин снова назначил его начальником Генштаба. После этого Шапошников вплоть до своего ухода в мае 1942 года по причине нездоровья служил архитектором организованного по-новому Генштаба. Именно эта новая организация в итоге позволила советскому командованию добиться победы в войне. В ходе войны Шапошников оказывал значительное влияние на Сталина и, хотя его имя связывали с Киевской катастрофой в сентябре 1941 года, именно это воздействие в конечном итоге подтолкнуло Сталина больше следовать советам Генштаба в отношении планирования и ведения военных действий. И что еще важнее – Шапошников сыграл главную роль в стремительном восхождении Василевского, Антонова и Ватутина на ведущие посты в Красной Армии.
В отличие от Василевского, который к началу войны уже занимал важный пост в генеральном штабе, Алексей Иннокентьевич Антонов, одна из наиболее влиятельных фигур в Генштабе времен войны, на этот