Следствием описанных непорядков в самом корне латинства было возникновение опасных для него ересей, с которыми папы начали бороться учреждением особых страшных судилищ, так называемых инквизиционных, где подозреваемых в ереси предавали ужаснейшим и утонченным пыткам, а добившись от них сознания в виновности, сжигали затем на кострах. Начало этих судилищ относится к XIII веку, и в XV столетии костры, на которых сжигали еретиков, пылали уже во всех концах католической Европы, причем в Литве инквизиция была введена в 1436 году, во время великого княжения мрачного и жестокого Сигизмунда Кейстутовича.
Однако, несмотря на инквизицию, крупные нестроения и ереси в Католической церкви продолжались. В XIV веке один из французских королей занял Рим и силой вывез из него пап к себе во Францию, в город Авиньон, где они прожили 70 лет. В начале же XV века возникли учения Виклифа в Англии, а затем и Иоанна (Яна) Гуса в Чехии, имевшие множество последователей.
Учения эти осуждали невоздержание католического духовенства и указывали на крайне соблазнительное для нравственности паствы поведение пап. Действительно, в это время как раз были сразу три папы, которые низлагали и взаимно проклинали друг друга.
Для прекращения всех этих непорядков был созван в 1414 году Констанцский собор, осудивший, между прочим, Гуса и его друга Иеронима Пражского на сожжение. На собор этот, как мы говорили, Витовт отправил поставленного им митрополита Западной Руси Григория Цамблака хлопотать об унии или присоединении Греческой церкви к Латинской. Конечно, эта мысль об унии была как нельзя более на руку папам ввиду сильного падения их обаяния в это время в Западной Европе: присоединение к латинству всех исповедующих православие сулило им огромнейшее влияние в обширных владениях Литвы и Руси, сопряженное вместе с тем с получением с этих земель богатейших денежных средств. Как мы видели, Цамблак