Активність начальника УНКВД по Ленінградській області у викритті ворогів народу була настільки бурхливою, що керівникам НКВД часом доводилося навіть стримувати його. Скажімо, коли Заковський написав довідку про незадовільну роботу військових заводів міста і вимагав покарати винних, то навіть Ягода здивувався: «А де тут контрреволюція, де шкідництво?»
Робота Заковського у Ленінграді дістала найвищу оцінку керівництва. 26 листопада 1935 р. він здобув звання комісара державної безпеки 1-го рангу, яке дорівнювалося званню командарма 1-го рангу і сучасному званню генерала армії, а потім нагороджений орденом Червоної зірки і орденом Леніна.
Заковський нахвалявся, що й самого Карла Маркса змусив би зізнатися у роботі на Бісмарка, і мав серед єжовців репутацію начальника, у якого всі 100% заарештованих зізнавались у шпигунстві.
Інколи Заковський і сам брав участь у знищенні «ворога». Коли Єжов розпочав чистки людей Ягоди, чекістів арештовували і розстрілювали одного за одним. Але заарештувати начальника 7-го іноземного відділу НКВД комісара 2-го рангу А. Слуцького не наважувався. Тоді він доручив Фриновському «розв’язати» це питання. 17 лютого 1938 р. начальник ГУГБ запросив Слуцького до свого кабінету на доповідь. Невдовзі туди завітав Заковський і сів поруч із доповідачем. У середині доповіді Заковський несподівано накинувся на Слуцького та затис йому рота хустиною з хлороформом. Тут же з сусідньої кімнати з’явився Альохін зі шприцом у руці й зробив жертві ін’єкцію отрути. Співробітникам НКВД повідомили, що Слуцький перенервував під час доповіді, а газета «Правда» надрукувала зворушливий некролог про вірного сина партії.
Та навіть і ця активність не врятувала Заковського від загибелі. 16 квітня 1938 р. його усунули з усіх посад у НКВД, через чотири дні призначили начальником будівництва Куйбишевського гідровузла, а ще через дев’ять днів заарештували. 29 серпня 1938 р. Військова колегія Верховного суду СРСР засудила Заковського на смерть. Вирок було виконано того ж дня.
Були знищені і його найближчі родичі.
16 серпня 1937 р. з’явилася спеціальна директива М. Єжова:
«1. З 25 серпня розпочати і в двомісячний термін закінчити операцію по репресуванню найбільш активних контрреволюційних елементів з числа утримуваних у тюрмах ГУГБ, засуджених за шпигунську, диверсійну, терористичну, повстанську і бандитську діяльність, а також членів антирадянських партій та інших контрреволюціонерів, які проводять у тюрмах ГУГБ активну антирадянську роботу.
У Соловецькій тюрмі ГУГБ репресуванню піддати також бандитів і карні елементи, які ведуть у тюрмі злочинну роботу.
2. Всі перераховані контингенти після розгляду їхніх справ на Трійках при УНКВД підлягають розстрілу.
3. Вам для Соловецької тюрми затверджено для репресування 1200 осіб».
19 серпня 1937 р. ця директива надійшла у Ленінград, і Л. Заковський передав її для виконання своєму заступникові