Миграционный кризис вызвал и обострение противоречий между «старыми» государствами ЕС и вступившими в 2004–2007 гг. странами ЦВЕ, прежде всего Вышеградской группы, которые решительно выступают против основных принципов иммиграционной политики ЕС. 30 сентября 2015 г., основываясь на ст. 263 ДФЕС, которая позволяет оспаривать решения, принятые институтами ЕС, правительство Словакии подало иск в Суд ЕС против планов расселения беженцев, одобренного Европейским советом. Вслед за премьер-министром Словакии Р. Фицо его венгерский коллега В. Орбан также подал в Суд ЕС иск против системы обязательных квот на расселение, соответствующее решение утвердил парламент Венгрии 16 ноября 2015 г. на том основании, что квотирование нарушает принцип субсидиарности и лишает парламенты государств-членов возможности высказать свое мнение. Со своей стороны, министр иностранных дел Германии Ф.-В. Штайнмайер предупредил Чехию, Венгрию и Словакию, что против них также могут быть предприняты правовые действия, если позиция вышеградских стран в вопросах расселения не изменится. Может быть поставлен вопрос и об урезании им субсидий из европейских фондов.
Подобная угроза прозвучала и в заявлении председателя Европейского парламента Мартина Шульца, которое он сделал в ноябре 2015 г. в Брюсселе на саммите ЕС, посвященном миграционному кризису. Похоже, что давление институтов ЕС начало в результате оказывать некоторое действие. Так, собравшись в середине февраля 2016 г. на свой очередной саммит, посвященный миграционному кризису, вышеградцы сменили жесткую риторику на более «проевропейскую», заявив, что поддерживают согласованные стратегические задачи Евросоюза по урегулированию кризиса, особенно в том, что касается укрепления внешних границ и выполнения Плана действий совместно с Турцией. Вышеградские страны согласны подождать с оценкой результатов деятельности руководства ЕС, но при этом они не исключают возможности в том восстановления пограничного