Первой попыткой подчинить казачьи войска и втиснуть их в административную иерархию была отмена выборных войсковых атаманов. По указу Петра I от 1719 года казачьи войска стали возглавлять наказные атаманы, назначенные лично императором. Этот ставленник государственной власти проводил царскую политику в войске и должен был обеспечить контроль над выборными атаманами на местах.
Со временем, усилиями верховного руководства и наказных атаманов, демократизм в казачьих войсках всё более ограничивался и более строгая и изощрённая административная координация и отчётность вводились в войсках. Большей частью этот процесс был медленным и очень болезненным для обеих сторон: медленным, потому что казаки упорно сопротивлялись нововведениям, отстаивая свои права на демократию, а государство продолжало гнуть в свою сторону; и был этот процесс болезненным, потому что ни одна из сторон не сдавалась. Однако процесс этот был более-менее мирным, если принять во внимание то, что массовые вспышки недовольства (бунты) среди казаков случались раз в 30–50 лет. Такие вспышки подавлялись то войсками, то обещаниями льгот казакам, то подкупами атаманов. Бывало, заканчивалось всё и массовыми репрессиями и кровопролитием. Когда же казачье войско нельзя было ни запугать, ни подкупить и ситуация выходила окончательно из-под государственного контроля, то оставались в запасе самые радикальные меры. Так, после большого выступления в 1775 году (напомню, что по времени это совпало с концом крестьянской войны под предводительством Пугачёва) Запорожское войско было расформировано, чтобы восстание не вылилось во вторую Пугачёвскую войну. Вполне возможно, что во время новых конфликтов между государством и казачьими войсками память о судьбе запорожцев служила примером и играла усмирительную роль.
Уральское (тогда ещё Яицкое) казачье войско также проявляло