Однако и «Братья» в Египте, и «Нахда» в Тунисе показали свою полную несостоятельность в урегулировании внутреннего социально-экономического кризиса, против которого и был направлен социальный протест египетской и тунисской революций. Более того, этот кризис обострялся. В ходе предпринятой «Братьями» и «Нахдой» исламизации общественно-политической жизни на политическую авансцену стали выходить более радикальные исламистские движения – салафиты9 и такфиристы10, провоцировавшие столкновения с представителями других конфессий и партиями, провозглашавшими светские ценности. В результате значительная часть населения выступила против монополизировавших власть исламистов. В Египте армия при поддержке всех партий либерально-демократической и левой направленности, а также Конституционного суда, муфтия Египта и коптского патриарха в июле 2013 г. отстранила от власти ставленника «Братьев-мусульман» президента Мурси. Временно исполняющим обязанности президента Египта до новых парламентских и президентских выборов был назначен председатель Конституционного суда Адли Мансур. «Братья-мусульмане», пытавшиеся оказать сопротивление новым властям, организуя марши своих сторонников, террористические акты и используя вооруженных боевиков, в том числе находившихся в Египте членов сирийских исламистских группировок, в декабре 2013 г. были объявлены террористической организацией и запрещены. Их руководители, включая бывшего президента Мурси, были преданы суду. Руководство сирийской внешней оппозиции НКОРС, штаб-квартира которой находилась в Каире, было выдворено из Египта, а боевикам, воевавшим на ее стороне, запрещен въезд в Египет.
В Тунисе весной 2013 г. после убийства двух членов руководства леводемократического движения, осуществленного членами радикальной салафитской группировки «Ансар аш-шариа» (Воины шариата), прошли массовые манифестации с требованиями отставки исламистского правительства. Определенным компромиссом явилась отставка в декабре 2013 г. премьер-министра, члена руководства «Нахды», и назначение в качестве и.о. премьер-министра