РАИС сразу заняла критичную позицию по отношению к лидеру СМР, муфтию Равилю Гайнутдину. В частности, его резкие заявления по поводу трудностей со строительством в Москве мечетей были прокомментированы в специальном заявлении РАИС следующим образом: «Мечети можно строить и без скандалов. В таких городах, как Самара, Санкт-Петербург, Чебоксары, Пятигорск и Пермь, наши храмы были построены в благожелательной атмосфере и без протестов со стороны немусульманского населения. Нужно быть готовыми к переговорам и спокойному отстаиванию собственной позиции и, наконец, к разумным компромиссам».
Со своей стороны, муфтий Р. Гайнутдин расценил РАИС как сообщество «грязных людей, кукол и марионеток», как «карманный муфтият». Позицию председателя СМР полностью разделил занимавший в тот период должность муфтия ДУМ РМ Рашит-хазрат Халиков, тем более что в состав РАИС в качестве сопредседателя вошел его главный оппонент, муфтий ЦДУМ РМ Фагим-хазрат Шафиев. Ф. Шафиев в интервью газете «Известия Мордовии» подчеркнул, что лично он не является противником СМР, ЦДУМ РФ, КЦМ Северного Кавказа, при этом отметив следующее: «Но есть достаточно много мусульманских общин, которые не вошли ни в одну из трех централизованных организаций. Это допустимо, ведь в исламской конфессии нет такой строгой иерархии, как в Русской православной церкви. А на местах есть много активных муфтиев, которые проводят большую работу для духовного роста населения, эффективно взаимодействуют с местными органами власти. Так вот, для нашей консолидации и более действенной работы было принято решение обратиться к органам государственной власти с просьбой признать создание четвертого всероссийского религиозного объединения мусульман». В любом случае ЦДУМ Республики Мордовия, до этого находившийся в своеобразной «изоляции», обрел целый ряд «союзных» ему муфтиятов, объединенных в структуре РАИС.
В апрельском 2011 г. выпуске газеты «Ислам в Мордовии» был опубликован материал «РАИС – без покаяния будущего нет», который отразил точку зрения ДУМ РМ и его тогдашнего председателя, муфтия Р. Халикова, на создание РАИС и участие в ней ЦДУМ РМ и лично Ф. Шафиева. Данная статья, казалось бы, неожиданно начинается с развенчания преступлений и репрессий против религий, в частности – ислама, совершенных в советский период. При этом подчеркивается особая роль в этой политике Ленина: «Мусульмане России очень пострадали от Ленина и его последователей – были закрыты и со временем разрушены подавляющее большинство мечетей, медресе, уничтожены исламские книги, убиты и сгноены в тюрьмах десятки тысяч имамов и простых мусульман, честным трудом зарабатывавших хлеб». А затем в данной статье выдвигается обвинение в приверженности к «ленинским идеям»… Шафиева! Цитата: «Но тем не менее отдельные мусульмане России подкрепляют свои действия не аятами и хадисами, а словами и поступками атеиста Ленина. Так поступает, в частности, Фагим