Была проведена и губная реформа, по которой все уголовные дела изымались из суда наместников с передачей в местные губные избы. Начало реформы относится к 1539 году, но завершило реформу правительство уже реально правящего Ивана IV. В результате губная изба – канцелярия губного старосты, где сосредоточивалось всё начальство (губной староста, его заместитель – губной целовальник, и губной дьяк-делопроизводитель), стала центром уездного управления. Все «губные» чины были выборными и подчинялись лишь Разбойному приказу. В 1555–1556 годах была составлена первая Уставная книга Разбойного приказа.
Губные старосты избирались из числа местных детей боярских и дворян, которые должны были «…ведать в городах разбойные, и убийственные, и татные дела… по наказам из Разбойного приказа». Указывалось, что «…в губных старостах у таких дел в городах быть дворянам добрым и зажиточным, которые за старость или за раны от службы отставлены… и которые грамоте разумеют».
Развитие и совершенствование системы государственного управления стало предметом постоянного внимания и забот царя Ивана – при нём было образовано много новых ведомств-приказов и расширены старые: Приказ Большого дворца, Большой Приход, Стрелецкий, Пушкарский, Холопий, Посольский приказы и т.д. Существенным нововведением стало образование Челобитного приказа во главе с А. Ф. Адашевым. Отрицать роль Избранной рады в проведении реформ было бы глупо, но ещё глупее относить – как это порой делается – на счёт «рады» все заслуги в проведении реформ, отводя Ивану IV роль статиста. С момента реального занятия трона – после венчания на царство в 1547 году, царь Иван все нити управления держал в руках всё более прочно.
Главное же – в 1550 году началась военная реформа. Из «нетяглых» людей были сформированы первые шесть полков регулярного войска – стрельцов. Вначале их было 3000 человек, к концу царствования Ивана IV – уже 12 000 человек… Большое значение Иван придавал артиллерии, численность крупных орудий в его войске поднялась до 200 (называется суммарная цифра всех орудий в 2000), причём Иван впервые образовал и полковую артиллерию пехотных полков. На Западе последнее новшество было введено существенно позднее.
При Иване же в русской артиллерии были введены первые стандарты калибров пушек. В эпоху Ивана Грозного начиналась деятельность выдающегося пушечного мастера Андрея Чохова, отлившего не менее 20 тяжёлых орудий, в том числе: «Лисица» (1575), «Волк» (1576), «Инрог» (т.е. единорог, 1577) и т.д.
Уже после смерти Грозного – в 1586 году, Чохов отлил Царь-пушку. Причём это было не декоративное произведение – как позднее было установлено, по крайней мере один раз из Царь-пушки, которая была на самом деле не пушкой, а бомбардой, стреляли.
Указом 1550 года устанавливался новый порядок назначения на командные должности, и предпочтение отдавалось способностям и личным заслугам, а не знатности. Местничество (то есть выяснение, кто родовитее и выше «местом») не было отменено тогда окончательно,