Для 11-летнего Ивана эта ночь стала очередным тяжёлым испытанием. По одной версии, митрополит Иосаф, пытаясь помешать перевороту, разбудил царственного мальчика «не ко времени» – за три часа до рассвета, рассчитывая после богослужения, на котором присутствовало несколько бояр, провести крестный ход во главе с великим князем. По другой версии в ходе переворота сторонники Шуйских ворвались в спальню Ивана и заставили его читать утренние молитвы в крестовой палате (заставили «петь у крестов»).
Похоже, вернее первая версия, по которой мятежники ворвались в собор во время торжественной церемонии, арестовали князя Щенятева на глазах у Ивана, а митрополиту стали «бесчестие и срамоту чинити великую». Иосафа не оставили в покое и на митрополичьем подворье, начав «камением по келье шибати».
Защитил митрополита от разъярённых детей боярских из своей же партии князь-мятежник Палецкий-Щереда. Но Шуйский-Китаев, опасаясь влияния Иосафа на Ивана IV, сослал митрополита на Белоозеро, в Кирилло-Белозерский монастырь. Вместо него новым митрополитом избрали архиепископа Новгородского и Псковского Макария.
Князя Петра Михайловича Щенятева, Гедиминовича, – родственника Ивана Бельского, сослали в Ярославль, ряд других сторонников Бельского – в разные города. Самого же Бельского по приказу Шуйского-Китаева заточили на Белоозере в тюрьму и в мае того же 1542 года умертвили. Впрочем, и Иван Шуйский-Китаев торжествовал недолго – 14 мая 1542 года он скончался после серьёзной болезни.
Однако засилье Шуйских в Кремле сохранилось, там укрепились двоюродные братья умерших Шуйского-Немого и Шуйского-Китаева – князья Андрей Михайлович Шуйский-Честокол и Иван Михайлович Шуйский-Плетень, а также их родственник князь Фёдор Иванович Ско́пин-Шуйский. Все три были наследственно спесивыми, корыстолюбивыми, не по уму властными и жестокими. Особенно выделялся в худшую сторону Андрей Шуйский-Честокол. Эта далеко не святая троица и стала играть ведущие государственные роли, хотя назвать их государственными было нельзя.
В тринадцать лет Иван IV получил ещё один мощный мгновенный психологический и нервный шок. Андрей Шуйский-Честокол и Иван Шуйский-Плетень заметили, что на взрослеющего Ивана начинает влиять боярин и воевода Фёдор Семёнович Воронцов. 9 сентября 1543 года прямо на заседании Боярской думы в присутствии великого князя Ивана и митрополита Макария Шуйский-Честокол, Шуйский-Плетень, Скопин-Шуйский, князья