Карьера Обручева продолжалась удачно: в апреле 1855 года он был назначен исправляющим должность дивизионного квартирмейстера131, а через месяц с небольшим был произведен в капитаны. С 30 июня по 25 сентября 1856 года Обручев находился на коронационных торжествах в составе сборного отряда Гвардейского и Гренадерского корпусов. Здесь, в Москве, он получает свои первые ордена – св. Анны и св. Станислава, оба 3-й степени, а уже 1 января 1857 года Обручев назначается дивизионным квартирмейстером. Кроме того, во время коронационных торжеств решается и вопрос о назначении Николая Николаевича на кафедру военной статистики в Академии генерального штаба. Загруженный делами Д. А. Милютин был уже не в состоянии работать в Академии, и его заменили полковник Макшеев и капитан Обручев, причем последний был рекомендован начальнику генералу Г. Ф. Стефану Я. И. Ростовцевым132.
2 июля письмом из Москвы Обручев сообщил о своем согласии занять место адъюнкт-профессора133. Два года прошло с тех пор, как Обручев окончил Академию, и в сентябре 1856 года он возвратился в скромный двухэтажный особняк на Английской набережной, 32. Поддержка Ростовцева, протежировавшего Обручеву с 1837 года, пригодилась в Академии. В сентябре 1857 года капитан Обручев подал рапорт об отчислении от должности в Академии, горячо и охотно поддержанный Стефаном в донесении на имя начальника штаба Военно-учебных заведений. Однако Я. И. Ростовцев встал на сторону Обручева. В официальном ответе Стефану, в частности, было сказано: «Вследствие отношения Вашего Превосходительства от 17 сего сентября за № 881 Главный штаб, по приказанию г. Начальника штаба, имеет честь уведомить, что по личному Его Превосходительства с капитаном Обручевым объяснению, офицер этот остается в вверенной Вам Академии, чему генерал-адъютант Ростовцев изволит быть весьма довольным»134.
На 1857 год выпадает весьма важный этап в жизни Академии. Прием в нее перестал быть ограничен определенной квотой, он обуславливался только научной подготовкой поступавших. Таких оказалось свыше 60 человек135. Уже в 1857 году наметилось противостояние «старой» и «новой» профессуры в стенах Академии. Оно проявилось в подходах к преподаванию и, конечно же, в оценках случившегося за последние годы. Драгомиров и Обручев особенно выделялись среди молодой профессуры136. «По военной статистике, например, – вспоминал один из слушателей, – ясно и убедительно указывалось профессором (Н. Н. Обручевым), как безусловно необходимо обосновывать ее на подробном изучении производительных