С учетом отмеченного расхождения в подходах неудивительно, что в начале 1992 г. были созданы не одна, а две «параллельные» рабочие группы по разработке нового УПК: первая действовала при Государственно-правовом управлении Администрации Президента РФ, вторая – при Министерстве юстиции РФ. Результатом их деятельности стали два альтернативных проекта УПК, опубликованные осенью 1994 г. Проект УПК (только общей части) ГПУ Президента РФ выражал более радикальные идеи перехода к почти «чистой» состязательности197, проект УПК Минюста России (полный) являлся много более умеренным и в значительной степени отражал воззрения сторонников сохранения континентального статус-кво198. В целом на данном этапе в борьбе проектов верх одержал проект УПК Минюста, который и был в 1995 г. принят к рассмотрению Государственной Думой, после чего работу над ним продолжила уже единая рабочая группа при Комитете по законодательству Государственной Думы РФ. Рабочая группа при ГПУ Администрации Президента РФ к тому моменту прекратила существование.
Подготовленный проект УПК, выдержанный в духе преемственности и умеренной модернизации УПК 1960 г., был принят Государственной Думой в первом чтении 6 июня 1997 г. К 1 июля 1999 г. «его подготовка к рассмотрению во втором чтении была завершена, и только принципиальные разногласия между ведомствами по вопросу подследственности уголовных дел помешали его принятию»199. Достаточно спокойно проходил в этот период и диалог с Советом Европы, не высказавшим к проекту серьезных претензий при вступлении России в 1996 г. в эту международную организацию и ратификации нашей страной в 1998 г. Европейской конвенции о защите прав человека и основных свобод.
Но все пошло по иному пути после выборов в конце 1999 г. в третью Государственную Думу и изменения политической расстановки сил. Сразу после выборов Комитет по законодательству Государственной Думы поручил подготовку УПК ко второму чтению депутату Е.Б. Мизулиной, которая стала главой прежней рабочей группы, чьи полномочия поначалу были подтверждены. Однако в связи с тем, что в рабочей группе имелись «принципиальные идеологические расхождения»200 по вопросу развития российского уголовного процесса, 20 ноября 2000 г. по инициативе Е.Б. Мизулиной была создана «малая рабочая группа», куда вошли только сторонники перехода к полностью состязательному уголовному процессу. При этом деятельность большой рабочей группы фактически прекратилась. Одновременно Указом Президента РФ от 28 ноября 2000 г. в рамках президентской администрации была создана рабочая группа по вопросам совершенствования законодательства о судебной системе во главе с Д.Н. Козаком. Обе рабочие группы (парламентская и президентская) работали в тесной координации,