После распада СССР начался период бурных реформ российского уголовного процесса, которые развивались по трем направлениям.
Во-первых, еще до принятия Конституции РФ 1993 г. был принят ряд важнейших законов по внесению изменений в УПК 1960 г. Так, Закон от 23 мая 1992 г.191 допустил защитника к подозреваемому с момента задержания и к обвиняемому с момента предъявления обвинения, а также предусмотрел право лица, заключенного под стражу в качестве меры пресечения (по-прежнему с санкции прокурора), обжаловать в суд законность и обоснованность данного решения, создав основы судебного контроля в стадии предварительного расследования. Закон от 29 мая 1992 г.192 заметно упростил стадию предания суду, отказавшись от коллегиальных распорядительных заседаний и от самого термина «предание суду». Закон от 16 июля 1993 г.193 возродил в России суд присяжных, пусть пока только в нескольких субъектах Российской Федерации (в качестве эксперимента). После принятия Конституции 1993 г. и обновления законодательства (Федеральный конституционный закон «О судебной системе Российской Федерации», новый УК РФ и др.) реформирование УПК 1960 г. продолжилось. Например, в связи с появлением в УК РФ новых оснований освобождения от уголовной ответственности в УПК появились новые основания прекращения уголовного дела: в связи с деятельным раскаянием и примирением обвиняемого с потерпевшим. В целом за 1990-е годы в УПК 1960 г. было внесено в общей сложности едва ли не больше изменений, чем за предшествующие 30 лет. В каком-то смысле можно говорить, что к концу десятилетия в России действовал не советский, а постсоветский вариант данного Кодекса.
Во-вторых, многие изменения действующего уголовно-процессуального права происходили не путем законодательных преобразований, а на основании решений Конституционного Суда РФ, на протяжении 1990-х годов подвергшего УПК 1960 г. детальной