Оставив службу в лицее, 15 марта 1913 года Александр Александрович был назначен на пост управляющего эксплуатационным отделом Управления водных и шоссейных сообщений МПС. Новая должность позволила получить ему чин статского советника. К тому времени за успехи по службе Якушев был награжден орденом Святого Станислава 2-й и 3-й степени, орденом Святой Анны 3-й степени, медалью в память 300-летия царствования дома Романовых. Спустя еще два года Якушева «…за успешные труды по проведению мобилизации 1914 года» наградят медалью ордена Белого Орла.
К началу Первой мировой войны, кроме службы в МПС, Якушев одновременно являлся членом Императорского общества судоходства. Почетным председателем этого общества был великий князь Александр Михайлович. Общество ставило своей целью «…содействовать развитию торгового пароходства, внутреннего судоходства, судостроения и водных промыслов». Статский советник А. А. Якушев входил также в Совет Российской экспортной палаты (представлял там интересы МПС) и в Комиссию о новых железных дорогах.
Годовое содержание Якушева составляло восемь тысяч рублей в год (из них 3200 рублей – жалование, 3200 рублей – столовые и 1600 рублей выделялось на наем квартиры). Такие доходы позволили Якушеву переехать в один из доходных домов, расположенных на главной деловой улице российской столицы – на Большом проспекте (дом № 51). Это здание имело строгий и стройный вид и отвечало всем требованиям новой деловой российской элиты и высшего петербургского чиновничества: в доме были центральное отопление, лифт, ванные комнаты и даже своя телефонная станция.
Семейная жизнь Якушева шла зигзагообразно. Не была простой. Александр Александрович к тому времени уже был женат, имел троих детей – сына Александра и дочерей Ольгу и Наталью. Его жена Феодосия Александровна Якушева (в дальнейшем она будет именовать себя Фаиной), в девичестве Бесперечь, происходила из семьи действительного статского советника. Это был не первый брак Якушева: в 1905 году он расторг брачные отношения с Лидией Фоминичной Андреевой. От этого брака у Якушева остался сын Николай.
Нужно сказать, что развод слишком тяжело дался Якушеву. Было серьезно подорвано здоровье: неврастения, головные боли, головокружение, бессонница, припадки и сердцебиение. Пришлось восстанавливать силы на Кавказских Минеральных Водах. Причину столь тяжелого бракоразводного процесса Якушева можно узнать лишь из церковных документов. В материалах Санкт-Петербургского епархиального начальства значится, что «брак Якушева с Лидией Фоминичной по его Якушеву прелюбодеянию