Иоанн во всем согласился с братом и предоставил ему вполне распоряжаться, как почитает за лучшее, Пётр издал тогда указ об исключении имени царевны из всех актов, в которых оно употреблялось вместе с именами обоих царей, Софии же приказал удалиться в Новодевичий монастырь, где ей назначалось жить безвыходно. Но царевна не соглашалась исполнить волю Петра, надеясь найти случай уйти в Польшу, и только после долгого сопротивления переселилась в монастырь. Для неё были отделаны и отлично убраны несколько келий, окнами на Девичье поле, у неё было много прислуги и все удобства жизни, необходимые для особы, привыкшей к роскоши. Она ни в чем не нуждалась, только ей не позволено было выезжать за монастырскую ограду, ни с кем посторонним не видаться и не разговаривать; лишь по большим праздникам ей позволено было видеться с тётками и сёстрами. Перед своим отъездом за границу, Пётр побывал у сестры в келье для прощания, но нашёл её до того надменною, холодною и непримиримою, что в крайнем волнении вышел из Новодевичьего монастыря[23]. Несмотря на все интриги Софии, Пётр уважал её ум. Он говорил о ней: «Жаль, что при великом уме своём имеет она великую злость и коварство».[24]
В 1698 г. София при содействии преданных ей стрельцов, пользуясь отсутствием Петра, вздумала снова завладеть властью. Стрельцы подняли восстание с целью признать правление снова Софии. Но восстание кончилось неудачей. Мятежники были разбиты ещё до приезда Петра. Следствие раскрыло замысел царевны. Гнев царя на сестру по случаю этого бунта стрельцов, по словам иностранцев-современников, не имел пределов. Если верить донесению Гвариента, Пётр имел даже намерение на устроенной нарочно для этой цели эстраде собственноручно убить Софию на глазах у всего народа.[25] Этот рассказ впоследствии был часто повторяем в разных видах.[26] Намерения этого Пётр не привёл в исполнение, но приверженцы Софии были казнены жестокою казнью. Стрельцов-злоумышленников Пётр, по рассказам иностранцев, велел вешать перед окнами кельи, в которой жила царевна София, с письменными прошениями в руках, чтобы она управляла государством.[27] Что касается самой Софии, то она была предана суду народных представителей, а затем пострижена в монахини, под именем Сусанны, и оставлена на житьё, в том же Новодевичьем монастыре, под постоянною стражей из сотни солдат. Сестры её могли ездить в монастырь только на Светлой неделе и в монастырский праздник Смоленской Божией Матери (28-го июля), да ещё в случае болезни монахини Сусанны. Пётр сам назначил доверенных людей, которых можно было посылать со спросом об её здоровье, и приписал: «и певчих в монастырь не пускать; поют и старицы хорошо, лишь бы вера была, а. не так, что в церкви поют «Спаси от беды», а на паперти деньги за убийство дают».[28] Гравированные портреты Софии, написанные в Амстердаме и распространённые в Москве, среди сторонников Софии, Пётр велел отбирать