Усього за час війни Північ передала приблизно 6,5 мільйона телеграм. Конфедерати здійснювали перехоплення їхніх телеграфних повідомлень, багато з яких, зазвичай, шифрувалися. їхня кавалерія робила нальоти на пункти зв'язку, що приводило до компрометації систем шифрування федералів та дозволяло конфедератам одержувати ключі й інформацію про відкриті тексти, що відповідали відомим шифрованим текстам. Крім того, шифри федералів мали слабкості. Незважаючи на все це, конфедерати так і не навчилися розкривати шифровані повідомлення федералів.
Вони іноді, навіть, не могли правильно розшифрувати свої власні повідомлення, не дивно, що їм не вдалося прочитати жодного шифрованого повідомлення федералів. Цьому факту було б важко повірити, якби конфедерати самі не визнали його, надрукувавши у своїх газетах кілька шифрованих повідомлень із проханням їхнього дешифрування.
Федерали також захоплювали шифри Півдня та здійснювали перехоплення кур'єрів із шифрованими повідомленнями. Так, наприклад, у 1863 році під час облоги міста Віксберга війська У. Гранта захопили вісім повстанців і в одного з них знайшли криптограму. її відправили до Вашингтона криптоаналітикам Президента, які успішно справилися з черговим завданням. Хоча дешифрування цієї телеграми не допомогло Гранту «взяти» Віксберг, але воно дало федералам один з ключів, якими конфедерати користувалися під час війни.
Шпіони як федералів, так і конфедератів зашифровували свої повідомлення дуже простими шифрами. Так, прихильниця Півночі Елізабет Ван Лью захищала свої агентурні донесення за допомогою буквено-цифрового шифру, основаного на квадраті Полібія. А прихильниця Півдня Роза Грінхоу захищала свої агентурні донесення за допомогою шифру випадкової заміни.
Із закінченням громадянської війни та перемогою федералів розробкою кодів і шифрів став займатися Державний департамент США. У 1867 році держсекретар Уільям Генрі Сьюард (1801—1872) розробив код Держдепартаменту на 148 сторінках. Однак процес кодування та декодування виявився для дипломатів дуже складним. Тому у 1871 році начальник корпусу зв'язку полковник Альберт Майер розробив для Держдепартаменту код на 88 сторінках, що складався з однієї частини. Книга містила коди для часу діб, днів, місяців і – вперше в історії кодів – років. Вона стала першим кодом Держдепартаменту, в якому одному кодовому слову відповідала довга фраза або ціле речення. Для позначення часу доби як кодові сдова використовувались жіночі імена, а днів місяця – чоловічі. Назви міст і країн замінялися цифрами.
Наступну книгу державних кодів розробив у 1876 році завідувач бюро каталогів і архівів Держдепартаменту Джон Генрі Хасвел (1841—1899),