Мир продолжался недолго. Народ не любил Шемяку, и Василий довольно легко вновь завладел престолом. Испытанный бедствиями, он стал управлять с большей кротостью и мудростью. Первой его заботой было назначение митрополита, ибо, как мы сказали, Иона еще не назывался митрополитом. Епископы вновь съехались в Москву и торжественно посвятили его в 1448 году. С этих пор Россия сделалась независимой от Константинополя по делам Церкви.
Иона усердно занялся делами; он старался уничтожить заблуждение унии, уговаривал православных с твердостью и терпением переносить гонения, которым они подвергались в юго-западных областях. Старания его возбудили гнев папы, который называл его отступником, но очень утешали и укрепляли гонимых за веру. Он убеждал также князей жить в любви, хранить данные клятвы и не нарушать мира.
В 1451 году татары дошли до самой Москвы и выжгли предместье. Сильный ветер нес пламя в город. Митрополит крестным ходом обошел весь город, молясь об избавлении от врагов. В Чудовом монастыре жил тогда благочестивый инок по имени Антоний. Святитель, увидев его, сказал ему: «Сын и брат Антоний, молись Господу и Пречистой Богородице об избавлении города». – «Поблагодарим Господа и Пречистую его Матерь, – отвечал Антоний, – скорая Заступница наша умолила Сына Своего, Иисуса Христа, да спасен будет город. Враги невидимой силой будут прогнаны и побеждены; мне одному суждено умереть от стрел их». Едва Антоний успел выговорить эти слова, как стрела, прилетевшая из стана татар, ранила его смертельно.
К удивлению всех жителей Москвы, татары 2 июля внезапно удалились. В память этого события на дворе митрополита была построена церковь Положения Ризы Богородицы.
В 1453 году турки завладели Константинополем и превратили в мечети храмы первой христианской столицы. Святитель Иона с любовью принимал греческих пришельцев, которые искали убежища в нашем отечестве, и помогал несчастным. Вся Россия искренне сочувствовала бедствиям Царьграда, помня, что оттуда она приняла христианскую веру. Бывший митрополит Российский Исидор находился в Константинополе в это ужасное время и предлагал поддержку от папы, если духовенство согласится утвердить постановления