В октябре 1851 г. в Цетине от скоротечной чахотки скончался владыка Петр II Негош. И хотя в завещании было указано: «Наследником назначаю Даниила, сына Станкова[4], моего племянника. Ему передаю издревле узаконенное в Черной Горе владычество» [15, С. 693], в борьбу за власть включились старший брат покойного митрополита Перо Томов и двоюродный брат Георгий Савов, выдвигавший кандидатом на митрополичий престол своего племянника Крсто Машана Петровича [1, С. 308]. «Для поддержания прав нового владыки черногорского» в Черногорию в качестве доверенного лица был командирован Егор Петрович, хорошо знакомый с этой страной [15, С. 695][5].
Егор Петрович прибыл в Цетине в конце марта 1852 года. Собранные во время поездки материалы к биографии Петра II Негоша Егор Петрович опубликовал в «Современнике» в 1854 году [4]. В эту часть книги также вошли события начала 1853 года, когда Егор Петрович был в очередной раз командирован в Черногорию в связи реальной угрозой оккупации ее турецкими войсками. «В конце января 1853 года Е. П. Ковалевский был уже в Вене, где после переговоров с Буолем и Францем-Иосифом о мерах, направленных на приостановку наступления войск Омер-паши, вместе с австрийскими представителями отбыл в Черногорию в район боевых действий» [1, С. 328]. Дальнейшие события и подробности переговоров с Омер-пашой в Подгорице он описал в «Путевых записках о славянских землях», опубликованных в 1859 году. Юрий Петрович Аншаков в своем исследовании отмечал: «Страстный и убежденный защитник Черногории Егор Петрович Ковалевский во время этих переговоров настаивал на передаче Грахова Черногории, он считал, что черногорцы имеют право на территорию Грахова, и ставил об этом вопрос перед русским посольством в Константинополе. Аналогичную позицию Егор Петрович Ковалевский занимал и в вопросе об островах Лесендро и Вранина. […] благодаря усилиям Е. П. Ковалевского и австрийского агента подполковника Зайчека войска Омер-паши были вынуждены очистить Грахово и освободить пленных» [1, С. 330]. Мирное соглашение, по которому предусматривался обмен пленными и трофеями, а также соблюдение порядка в пограничных областях, было подписано 16/28 февраля 1853 года [1, С. 329]. Глава Черногорского княжества высоко оценил заслуги Егора Петровича. В письме к нему князь Даниил от своего имени и всего черногорского народа выражал «чувство наивысшей благодарности и вечной признательности за все труды, которые Вы на пользу Черногории сделали во время войны» (цитируется по [1, С. 331]).
В конце ноября 1853 года накануне войны с Турцией Егор Петрович выехал на Балканы «для выяснения возможности организации выступления балканских народов в поддержку русской армии» [17, С. 124–125]. В Черногории Егор Петрович оказывал всяческое содействие властям в вопросах обороны страны, увеличения боеприпасов, обучения артиллерийскому делу. «Но выступление, которое начали черногорцы вместе с герцеговинцами, осталось без поддержки. Действия