Приняли участие рыцари ордена и в Четвертом крестовом походе, объявленном в 1199 году. Войска под руководством итальянского маркграфа Бонифация Монферратского и Балдуина Фландрского на венецианских судах Энрико Дандоло подошли к Константинополю, сделав это по просьбе претендента на императорский престол, византийского принца Алексея Ангела, сына императора Исаака Ангела, которого к тому времени сверг с престола собственный брат. Иоанниты соблазнились огромными деньгами, которые Алексей обещал им заплатить, если с их помощью его отец снова будет возведен на трон. Исаак праздновал победу, но у него не было денег в достаточном количестве, чтобы заплатить рыцарям. Начались затяжные переговоры, в которых Исаак просил отсрочить выплату долга. Крестоносцы на это не соглашались: их ждала Святая земля.
Но на этом интрига, связанная с борьбой за престол, не закончилась. В Константинополе объявился один принц из рода Дуков, который стал проповедовать ненависть греков к крестоносцам и даже сделал вылазку против последних, которая и решила судьбу империи. Народ единогласно поддержал принца, и в соборе Святой Софии он был провозглашен императором. Наследника престола Алексея Ангела он, конечно же, заточил в темницу и там убил. Теперь ему нужно было избавиться от вождей крестоносцев, и он задумал заманить их в ловушку, пригласив на пир, но ему это не удалось. На следующий день сама византийская армия предприняла враждебные действия против крестоносцев, попытавшись поджечь их корабли. И началась война. Константинополь был осажден почти со всех сторон. После недолгой осады крестоносцы со второй попытки штурмом взяли город. Принц бежал. Невероятные богатства Константинополя были разграблены. По самым приблизительным оценкам их стоимость тогда составляла 1 млн 100 тыс. серебряных марок. Жителей города пощадили.
Византия лежала у ног рыцарей-иоаннитов, и 9 мая императором новой Латинской империи был избран граф Балдуин IX Фландрский. Крестоносцы захватили и поделили между собой земли Фракии, Македонии, Фессалии, Аттики, Беотии, Пелопонесса и острова Эгейского моря. Тогда же с участием иоаннитов на Пелопонесском полуострове было образовано Морейское княжество.
Дальнейшая