В 1706 г. Мазепа решил отторгнуть Малороссию от Российской империи и первому сообщил о своем решении Кочубею, который донес о планах гетмана царю. Доносу не поверили, но за Мазепой установили негласный надзор. В 1708 г. не дождавшийся вестей Кочубей второй раз потревожил царя по поводу Мазепы. Гетмана известили о том, что Кочубей пытается опорочить его. Тогда Кочубей договорился с полковником Искрой и священником Святайлой, чтобы те вновь передали донос царю, через ахтырского полковника Осипова, который, в свою очередь, передал его через киевского губернатора князя Д.М. Голицына. Петр I снова не поверил доносу, считая Мазепу своим близким другом и соратником. Кочубея и Искру схватили и привезли в Витебск, где их встретили Головкин и Шафиров, назначенные для розыска. После жестоких пыток Кочубей был вынужден сказать, что оговорил гетмана из мести. В результате 15 июля 1708 г. Кочубею и Искре отрубили головы.
Вскоре после казни Мазепа совершил свою измену. Поняв, что произошла непоправимая ошибка, Петр I признал то, что Кочубей и Искра пострадали незаслуженно, называя Кочубея «мужем честным, славныя памяти». Тела Кочубея и Искры перезахоронены царем в Киево-Печерской лавре, возле трапезной церкви. Окровавленная рубаха, в которой Кочубей был во время совершения казни, хранилась в Покровской церкви села Жук Полтавской губернии, а сейчас находится в экспозиции «Уникальные предметы в собрании Полтавского краеведческого музея».
От Василия Леонтьевича Кочубея происходит аристократический род Кочубеев. Когда правнук Кочубея, Виктор Павлович, возглавлял Комитет министров, А.С. Пушкин решил воспеть его предка в поэме «Полтава».
Благодаря Пушкину, образы Кочубея и Искры окружены ореолом мученичества в «борьбе за русскую идею» перед лицом изменников.
А.К. Толстой также упоминает Кочубея:
Ты знаешь край, где с Русью бились ляхи,
Где столько тел лежало средь полей?
Ты знаешь край, где некогда у плахи
Мазепу клял упрямый Кочубей
И много где пролито крови славной
В честь древних прав и веры православной?
В поэме Пушкина Матрена, или Мотря, как называли ее дома, получила имя Мария. Мы ничего не знаем о ее дальнейшей судьбе после казни Кочубея. Впрочем, некоторые источники называют ее снохой генерального судьи Чуйкевича, или игуменьей нежинского монастыря, скорее всего, путая последнюю с ее же сестрой Екатериной[27].
О ней можно прочитать в статье «Любовь Мазепы к дочери Кочубея» (газета «Сегодня», 4 июля 2001 г.) и других источниках [28].
Если верить Александру Сергеевичу Пушкину, роман в стихах «Евгений Онегин» был «плодом ума холодных наблюдений и сердца горестных замет». Что же касается самого Онегина, Пушкин называет его своим приятелем, и мы можем даже догадаться, кто это был на самом деле.
Сам Александр Сергеевич слыл человеком общительным, знакомых и приятелей у него было немало.