Наконец, в 90-х годах прошлого века, когда семидесятилетней власти коммунистической партии в нашей стране пришел конец и Церковь обрела свободу от непрестанного придирчивого контроля «уполномоченных» атеистов, появилась и возможность официально заняться канонизацией святых, просиявших в ее лоне за эти годы. В 1999 году состоялось прославление блаженной Матроны Московской в лике местночтимых святых Московской епархии, а в 2004 году имя ее было внесено в святцы для общецерковного почитания.
В 1998 году, когда уже велась работа по официальной канонизации святой старицы Матроны, Патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил перенести ее честные мощи с Даниловского кладбища в Московский ставропигиальный женский монастырь Покрова Божией Матери, незадолго до того возрожденный после шестидесяти лет «безбожного пленения», – при советской власти монастырь был закрыт, в нем поочередно размещались самые разные учреждения, от типографии до бильярдной. Восьмого марта на Даниловское кладбище прибыла специальная комиссия. В ее составе были ученые, которые после вскрытия могилы засвидетельствовали подлинность мощей. По блаженной старице была отслужена заупокойная лития (ведь официального прославления еще не было), после чего гроб с ее честными останками был перенесен сначала в Свято-Данилов монастырь и поставлен в храме во имя преподобного Симеона Столпника, где мощи блаженной и пребывали в течение всего Великого поста. А уже в Светлую пятницу, 1 мая 1998 года, накануне 46-летия преставления блаженной Матроны, состоялось торжественное перенесение ее честных мощей в Покровский монастырь, где они пребывают и по сей день. Об этом перенесении нигде не объявляли заранее; торжественным же оно стало благодаря множеству любящих святую Матрону, чтящих ее память людей, одними им известными путями узнавших о грядущем событии. Все эти люди собрались в Данилов монастырь, чтобы радостно сопровождать мощи любимой святой к месту их нового пребывания.