Первая половина 1980-х дала советскому футболу трех новых чемпионов: «Динамо» Минск, «Зенит» Ленинград, «Днепр». «Динамо» Тбилиси в 1981 и «Динамо» Киев в 1986 годах по разу привозили в СССР Кубок кубков.
Со второй половины 1980-х годов ведущие футболисты советских команд начинают переходить в зарубежные клубы. В 1990 году чемпионат СССР покинули клубы из Грузии и Литвы – «Динамо» (Тбилиси), «Гурия» (Ланчхути) и «Жальгирис» Вильнюс, подобные намерения имели и другие клубы, однако не успели – Советский Союз распался раньше. В 1991 году победой ЦСКА история чемпионатов СССР по футболу заканчивается.
После распада СССР в 1991 году бывшие советские республики начали проводить независимые футбольные чемпионаты. В советской Высшей лиге было недостаточно российских клубов, чтобы составить лигу. Поэтому в 1992 году в российской Высшей лиге соревновались 20 российских клубов из высшей (6 команд), первой (11) и второй (3) лиг чемпионата СССР. Для уменьшения общего числа матчей команды были разделены на две группы. Количество команд в Высшей лиге было постепенно сокращено: 18 в 1993 году и 16 в 1994 году. С тех пор Высший дивизион (и Премьер-Лига) состоит из 16 клубов.
В 1990-е годы в Высшем дивизионе доминировал «Спартак» (Москва), выигравший девять чемпионатов за десять лет. Один раз чемпионом стал «Спартак-Алания» (Владикавказ) в 1995 году.
Сейчас в высшем дивизионе играют 16 клубов Российской футбольной премьер-лиги. После каждого сезона клубы, занявшие 15 и 16 места, переводятся в ФНЛ, а их места занимают две сильнейшие команды из Футбольной Национальной Лиги. Клубы занявшие 13 и 14 места, играют стыковые матчи с командами ФНЛ (3 и 4 места), победившие команды участвуют в РФПЛ на следующий сезон. Первый чемпионат России был проведен в 1992 году, до 1997 года турнир назывался Высшей лигой, в 1998 году лига была переименована в Высший дивизион. Победитель Чемпионата России по футболу получает право участвовать в Лиге Чемпионов УЕФА.
В 1992–2010 годах чемпионат проводился по системе «весна – осень». В 2010 году система проведения чемпионата была реформирована: 20-й чемпионат страны стартовал весной 2011 года, был проведен в четыре круга и завершился весной 2012 года. Летом того же года началось новое первенство. Таким образом, с 2012 года чемпионат России по футболу проводится по системе «осень – весна».
Молодежное первенство России по футболу среди команд клубов премьер-лиги
Турнир, разыгрываемый молодежными командами клубов Российской премьер-лиги. Он был создан в 2008 году вместо турнира дублеров РФПЛ. Главным отличием от того соревнования является правило, по которому от каждой команды на поле должно находиться не менее семи воспитанников клуба. При этом не запрещено участие игроков основной команды клуба, даже дисквалифицированных в основном чемпионате.
Традиционно календарь игр молодежного первенства привязан к календарю РФПЛ: матчи играются за день до игр основных команд в чемпионате.