Исключительную роль среди городов играл Ниппур, находившийся практически в центре Двуречья, там, где русла Тигра и Евфрата максимально сближались. Именно в Ниппуре находилось важнейшее для всего Шумера святилище бога Энлиля, что и придавало значимости самому городу, который, по всей видимости, никогда не был центром самостоятельного государственного образования. Наконец, в северной части Двуречья на берегу Евфрата располагались города Киш с храмом бога-воина Забабы и Сиппар с храмом солнечного бога Уту, а за пределами Вавилонии – город Эшнунна у восточного притока Тигра реки Диялы, обеспечивавший стране торговлю с Востоком, и будущая столица Ассирийского государства город Ашшур, через который шла торговля с северными областями Месопотамии. Отдельного упоминания заслуживает также находившийся на среднем течении Евфрата город Мари, который хоть и находился далеко за пределами собственно Двуречья, однако был тесно связан с историей этой страны. Так, составленные в ІІІ тыс. до н. э. списки царских династий упоминают о династии из этого города, которая некогда якобы правила всей Южной Месопотамией.
Центром и основой каждого города-государства Двуречья был храм главного городского божества. Храмы выполняли две важнейшие функции в жизни шумерского общества, а именно: сбор, накопление и хранение продовольственных запасов, необходимых на случай неурожая или войны, а также создание обменного фонда товаров для организации международной торговли. По поручению храмового руководства специальные торговые агенты, так называемые тамкары, отправлялись обменивать местные зерно и ткани на столь необходимые металлы, строительный лес, рабов и рабынь. Кроме того, накопленные запасы использовались для жертвоприношений и содержания храмовой администрации и работников.
Во главе города-государства стоял властитель, имевший титул энси («господин, закладывающий угловой камень», самостоятельный владыка, бывший изначально жрецом-строителем) или лугаль, лу-галь («большой человек», «хозяин», бывший, скорее всего, выборным вождем-военачальником). Энси отвечал за отправление общинного культа, а также руководил строительством храмов и ирригационных сооружений, в связи с чем его нередко изображали несущим на голове корзину со строительными материалами, и отвечал за сбор налогов