Массовое обесцвечивание и, как следствие, вымирание кораллов повторилось в 2000 и 2002 годах. Особенно сильно оно затронуло Центральную и Южную Пацифику. Например, на Фиджи погибло до 40 % кораллов. Массовые вымирания были отмечены на больших площадях на Большом Барьерном рифе (в некоторых районах погибло до 90 % колоний).
В потеплении ли причина? Однозначного ответа, на самом деле, нет. Если в одних районах Мирового океана (например, в восточной части Тихого океана) обесцвечивание и вымирание кораллов совпали с теплым течением Эль-Ниньо, то в других (акваториях Юго-Восточной Азии) – с его антагонистом, прохладным течением Ла-Нинья. В различных районах Индийского океана обесцвечивание рифов также происходило или после Эль-Ниньо, или после Ла-Нинья. Поскольку эти два явления, как правило, идут одно за другим (что и случилось в 1997–1998 гг.), у кораллов просто не было времени на восстановление. С другой стороны, в ряде случаев зависимости обесцвечивания кораллов от температуры воды не отмечено. Например, большие массивы кораллов, покинутых симбионтами, были обнаружены в Индийском и Атлантическом океанах на 30-метровой глубине, где температура воды не превышает 23 °C. Кроме того, здесь нет резких колебаний температуры. Загадка… Правда, загадка невесёлая…
Не так давно американцами было высказано ещё одно предположение. За последние десятилетия количество свободного азота, высвобожденного в результате хозяйственной деятельности человека, увеличилось в атмосфере в два раза. В то же время содержание углекислого газа выросло только на одну треть. Перемещение огромного количества “нейтрального” азота из литосферы в атмосферу очень серьёзно повлияло на “обмен веществ” биосферы. Повышенное содержание азота стимулирует бурный рост зелёных водорослей