Транспортное управление, обеспечивающее безопасность на железнодорожных и водных коммуникациях, возглавлял С. Мильштейн, который одно время руководил Секретнополитическим управлением НКВД. Это был довольно грамотный человек, необычайной работоспособности, имевший опыт работы не только в органах государственной безопасности, но и в сельском хозяйстве и железнодорожном транспорте. Некоторое время он возглавлял сельскохозяйственный отдел ЦК партии Грузии. Мильштейн был одним из немногих, кто во время оперативных совещаний мог позволить себе разговаривать с Берией на «ты». Надо отдать должное аппарату, который возглавлял Мильштейн. Ни одной крупной диверсии не удалось совершить противнику на транспорте в канун и во время войны. Оперативная работа Мильштейна была построена очень эффективно, система функционировала безотказно.
Мощным подспорьем в деятельности ведущих оперативных подразделений стала получившая значительное развитие шифровальная и дешифровальная работа и радиоконтрразведка, возглавляемая А. Копытцевым, И. Шевелевым и В. Блиндерманом. В канун войны мы читали шифропереписку японского посольства в Москве и японского МИД. Связано это было с двумя мероприятиями, которые мы успешно осуществили. Японский МИД свою диппочту в Москву отправлял нашими поездами без сопровождения. Во Владивосток она доставлялась в специальных вализах. 3-й специальный отдел НКВД сумел так наладить дело, что прямо в почтовом вагоне была создана небольшая лаборатория, сотрудники которой вскрывали японскую диппочту, фотографировали ее, вновь запечатывали так, что никаких следов вскрытия не оставалось.
Не могу не отметить, насколько скромно в количественном отношении формировался штат руководящих работников госбезопасности. Высшее руководство НКВД в 1939 году состояло из четырех заместителей наркома внутренних дел. Один из них – В. Меркулов. Он вел Главное управление госбезопасности. Первым замом Меркулова короткое время числился И. Серов, а затем Б. Кобулов. В феврале 1941 года было, как известно, принято важное решение о создании НКГБ, который должен был выполнять функции госбезопасности и охраны правительства. Его выделили из Наркомата внутренних дел. Наркомом стал Меркулов, первыми замами Серов и Кобулов. Надо учесть и то, что в самый пик работы с 1943 по 1945 год Меркулов имел только двух заместителей, причем один из них был замом по кадрам. Все это говорит о том, что штаты руководящих работников не раздувались. Работали сверх человеческих сил.