Первый отдел контрразведывательного аппарата был самым важным. Он разрабатывал агентуру немецкой и итальянской разведок. Второе направление было нацелено на Японию, которая также считалась одним из главных наших противников. Отдел занимался также отслеживанием действий английской и американской резидентур. Разрабатывали контрразведчики и наших неактивных противников – главным образом, действия спецслужб нейтральных стран на нашей территории. Очень важно отметить, что в составе контрразведывательного отдела было специальное подразделение, которое занималось охраной дипломатического корпуса.
В организации разведывательной работы за границей опять-таки ведущее направление было немецкое. Второе – связано с Францией, Италией, странами, оккупированными немцами. Третье – нацелено на США. Оно также включало в себя научно-техническую разведку. Четвертое направление касалось Японии, Маньчжурии, Кореи и Китая. Специальным направлением считались Синцдзян, Монголия и другие территории на Дальнем Востоке. Агентурная разведка велась и в государствах Ближнего Востока.
Наряду с этими обстоятельствами следует отметить, что Контрразведывательное управление и Управление военной контрразведки, а также подразделение, отвечающее за обеспечение безопасности на транспорте имели самостоятельные выходы за границу через соответствующую агентуру. Большую разведывательную работу проводило Главное Управление пограничных войск (ГУПВ) НКВД, которое имело свои собственные разведывательные отделы и в соответствии с положением о нем также отвечало за разведку театра военных действий в прифронтовой полосе.
Это смешение функций очень отчетливо проявило себя в том, что информация, поступавшая по различным источникам, нуждалась в правильной координации деятельности основных оперативных разведывательных подразделений. Зачастую это не удавалось осуществить. Скажем, Управление пограничных войск в 1941 году вообще не входило в структуру органов госбезопасности. Это удлиняло сроки ознакомления с материалами разведки погранвойск руководства органов безопасности.
Контрразведывательную и разведывательную работу курировал заместитель наркома госбезопасности Б. Кобулов. К нему стекалась вся оперативная информация.
Весь объем информации спецслужб позволял сделать два однозначных вывода: во-первых, не было никаких иллюзий, что главным противником является Германия, и, во-вторых, что источник войны находится в пределах Европейского театра военных действий.
Работа Секретно-политического управления (СПУ) заключалась в том, чтобы парализовать на случай войны остатки антисоветских политических партий и организаций – основного резерва вражеских спецслужб в противоборстве с Советским государством.
Еще одно направление в работе СПУ имело первостепенное значение – не допустить вооруженных выступлений националистических