С Эстонией протяженность границы составляет более 400 км. По Нештатскому мирному договору Эстония входила в состав России с 1721 по 1917 г., а также была в составе СССР с 1940 по 1991 г. Россия провела в одностороннем порядке демаркацию границ. Эстония претендовала на Печорский район Псковской области (1500 км2) – бывшие четыре волости Петсеримасского уезда Эстонии, включенные в состав Псковской области в 1944 г., часть Кингисеппского района Ленинградской области и Иван-город. Эти территории были переданы Эстонии в 1920 г. 18 мая 2005 г. министрами иностранных дел подписан договор о границе между Россией и Эстонией в Финском и Нарвском заливах.
Протяженность границы с Латвией составляет 250 км. Латвия выступала за возврат под ее юрисдикцию Пыталовского и Палкинского районов Псковской области (1600 км2). В Латвии считают антиконституционным Указ Президиума Верховного Совета СССР от 23 августа 1944 г. об образовании Псковской области.
Протяженность границы с Белоруссией составляет около 1000 км. Между Россией и Белоруссией пограничных проблем нет.
С Украиной протяженность границ составляет около 1300 км. Работы по установлению государственной границы между Россией и Украиной только проводятся, при этом между странами имеются достаточно серьезные проблемы. В 1930-е гг. из состава Украины в состав РСФСР была передана восточная часть Донбасса, включая г. Таганрог. Западные районы Брянской области (г. Новозыбков, Стародуб и др.) раньше относились к Черниговской области. Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 29 октября 1948 г. Севастополь был выделен в самостоятельный административно-хозяйственный центр с особым бюджетом и отнесен к городам республиканского подчинения. Данный указ при передаче в 1954 г. Крымской области из состава РСФСР в состав Украинской ССР не был признан утратившим силу и до настоящего времени не отменен. Если Крымская область была передана недостаточно конституционно, то решения о передаче Севастополя вообще не существовало. Спорным является вопрос о прохождении государственной границы по акватории Азовского моря и Керченского пролива. Россия считает, что Азовское море с Керченским проливом должно считаться внутренним морем России и Украины, Украина же настаивает на его разделе. Выход к Азовскому и Черному морям Российская империя приобрела в результате многолетних военных действий против Турции в XVI–XVIII вв. В 1925 г. у основания 11-километровой косы Тузла на крайнем западе Таманского полуострова был прорыт мелководный канал для прохождения рыбацких лодок. В январе 1941 г. Президиум Верховного Совета РСФСР изменил в этом месте границу (тогда административную), передав теперь уже «остров» Тузла из состава Темрюкского района Краснодарского края в состав Крымской АССР. В 1971 г.