Лука прожил в Плахине до начала марта 1925 года. За ним присылают сани, чтобы вернуть его в Туруханск. По словам самого Войно-Ясенецкого, в туруханской больнице умер крестьянин, нуждавшийся в неотложной помощи, которую без него не могли оказать. Это так возмутило крестьян, что они, вооружившись вилами, косами и топорами, решили устроить погром сельсовета. Туруханские власти были так напуганы, что немедленно послали за ним гонца.
Вернувшись, Лука опять стал работать в больнице, лечить людей и ездить на богослужение в санях, покрытых ковром. Второе пребывание в Туруханске длилось восемь месяцев: с начала апреля до ноября.
28 августа 1925 года ссыльный профессор, узнав о юбилее известного физиолога академика И.П. Павлова, посылает ему поздравительную телеграмму: «Изгнанный за Христа на край света (три месяца прожил я на 400 верст севернее Туруханска), почти совсем оторванный от мира, я только что узнал о прошедшем чествовании Вас по поводу 75-летия Вашей славной жизни и о предстоящем торжестве 200-летия Академии наук. Прошу Вас принять и мое запоздалое приветствие. Славлю Бога, давшего Вам столь великую силу ума и благословившего труды Ваши. Низко кланяюсь Вам за великий труд Ваш. И, кроме глубокого уважения моего, примите любовь мою и благословение мое за благочестие Ваше, о котором до меня дошел слух от знающих Вас. Сожалею, что не может поспеть к академическому торжеству приветствие мое».
В ответной телеграмме И.П. Павлов пишет: «Глубоко тронут Вашим теплым приветом и приношу за него сердечную благодарность. В тяжелое время, полное неотступной скорби для думающих и чувствующих, чувствующих – по-человечески, остается одна жизненная опора – исполнение по мере сил принятого на себя долга. Всей душой сочувствую Вам в Вашем мученичестве».
В январе 1926 года Войно-Ясенецкий возвращается в Ташкент. По пути он заехал в Черкассы, где жили его престарелые родители и старший брат Владимир, отслужил панихиду над могилой сестры Ольги. В Ташкенте он поселился на Учительской улице в небольшом домике в две комнаты с прихожей. Недалеко находилась Сергиевская церковь. До 1929 года вместе с ним жил сын Алексей. В университете его, как политически неблагонадежного, лишили преподавательского места. С епископским служением тоже все оказалось не так просто. Кафедральный собор был разрушен, многие храмы закрыты или находились в руках обновленцев. Появились трудности и на внутрицерковном уровне. Между владыкой и его бывшим духовным наставником протоиереем Михаилом Андреевым возникли разногласия. О. Михаил