Наивысшего расцвета Миссия достигла к 1917 г. – ее капитал приближался к 1 млн. рублей. Миссия владела землями и строениями. В школах Миссии по всему Китаю обучалось до 3 тыс. человек. Многие изучали русский язык, потом принимали Крещение. К 1916 г. численность православных китайцев достигла 5587 человек. Было учреждено 32 миссионерских стана, в которых строились храмы, назначались священники и учителя. Миссия имела под своим управлением 19 храмов, 5 подворий (Петербург, Москва, Харбин, Маньчжурия, Далянь), 20 школ (храмы в Маньчжурии находились в ведении Владивостокской епархии).
Первый православный епископ Китая, владыка Иннокентий (Фигуровский), строил Китайскую Церковь на крови мучеников восстания ихэтуаней (так называемое Боксерское восстание 1899–1901 гг.). При епископе Иннокентии был полностью завершен труд по переводу на китайский язык богослужебных книг.
После разгрома белых армий А. В. Колчака на Дальнем Востоке и атамана А. И. Дутова в Туркестане в 1919–1920 гг. в Китай хлынул поток русских, бежавших через Дальний Восток и Среднюю Азию (некоторые источники называют цифру более 500 тыс. человек)[425]. В Китае были закрыты посольство и консульства Российской Империи.
В это время связь с церковным центром, Московской Патриархией, прервалась. Российская Духовная Миссия в Китае, как и другие зарубежные учреждения Русской Православной Церкви, на основании постановления Патриарха Тихона и Высшего Церковного Совета от 7 (20) ноября 1920 г. перешла во временное подчинение Зарубежному Архиерейскому Синоду. В начале 1921 г. Начальник Российской Духовной Миссии в Пекине признал себя подчиненным образованному незадолго до этого Церковному Управлению за границей. Пекинская Миссия вошла в состав Русской Зарубежной Церкви. Определением Зарубежного Синода в 1922 г. была образована новая епархия – Пекинская и Китайская.
Ее возглавил Начальник 18-й Российской Духовной Миссии владыка Иннокентий (Фигуровский). Таким образом, сохранив старое название, Миссия стала первой православной епархией на территории Китая и ее административным центром. В пределах Пекинской епархии были образованы викариатства в Шанхае – во главе с епископом Симоном (Виноградовым) и в Тяньцзине (позднее перенесено в Ханькоу) – во главе с епископом Ионой (Покровским).
Первое упоминание о делах православной эмиграции в Китае зафиксировано в журнале заседаний Архиерейского Синода № 2, 14 июля 1922 г. Было заслушано представление Начальника Российской Духовной Миссии в Китае архиепископа
Иннокентия, с ходатайством о награждении причисленного к названной Миссии священника Александра Пиняева саном протоиерея «за отлично-усердную и ревностную службу