В 1746 г. на Святую Гору пришел и в дальнейшем принял монашеский постриг преп. Паисий (Величковский). Первоначально он поселился в уединенной каливе неподалеку от монастыря Пантократор, где через некоторое время вокруг него собралась монашеская община. В 1757 г., когда она стала многочисленной, старец вместе с учениками получил разрешение перейти в заброшенную Свято-Ильинскую келлию Пантократора, преобразованную им в том же году в общежительный скит для «братии молдавского и словенского языка». С целью духовного руководства братией старец Паисий обратился к творениям святых отцов об «умном, внутреннем делании», создав на Афоне школу по изучению, переводу и переписыванию святоотеческих творений.
Опытно познав на Святой Горе и в молдавских обителях школу старчества и аскетического делания под руководством преп. Паисия и его учеников, многие русские иноки в конце XVIII в. вернулись в Россию, где устроили ряд обителей. Среди них были: насельник афонского Свято-Ильинского скита иеромонах Клеопа I, восстановивший основы старчества в Островской
Введенской пустыни, схимонах Афанасий (Охлопов), посланный преп. Паисием к Санкт-Петербургскому митрополиту Гавриилу (Петрову) со славянским переводом «Добротолюбия», иеромонах Клеопа II, подвизавшийся в Белобережской пустыни и Валаамском монастыре, преп. Феодор (Нямецкий), преп. Феодосий (Маслов), возобновивший по афонскому уставу Молченскую Софрониеву пустынь, а также наставники нескольких оптинских старцев преп. Василий (Кишкин) и преп. Афанасий (Захаров). В новосозданных и восстановленных обителях ученики преп. Паисия вводили афонский устав и возрождали традицию аскетического делания[51].
Продолжавшиеся во второй половине XVIII в. Русско-турецкие войны надолго прервали сообщение Афона с Россией и предоставили братию монастыря св. вмч. Пантелеймона, как и других афонских обителей, их собственным средствам. Греческие иноки, жившие тогда в Свято-Пантелеимоновском монастыре, некоторое время находили благотворителей в лице молдаво-валашских господарей, но затем монастырь снова пришел в упадок.
В 1803 г. Протат Афона решил исключить имя русской обители из числа монастырей и продать ее земли греческим монастырям, однако против этого выступил Константинопольский Патриарх Каллиник V. Он особой