В первой половине XVII в. большинство насельников Руссика, вероятно, составляли греки. Об этом свидетельствует, в частности, храмозданная надпись 1619 г. монастырского собора, выполненная только по-гречески. Число братии в обители в 1661 г. составляло 120 человек, в 1677 г. – 200. В целом же в XVII-XVIII вв. выходцы из Украины и Белоруссии преобладали среди восточнославянских монахов Афона, на это, в частности, указывает большое число киевских, львовских и черниговских изданий того времени в славянских книжных собраниях Святой Горы, заметно превосходящее продукцию великорусских типографий[43].
К концу XVII в. Свято-Пантелеимоновский монастырь снова пришел в запустение из-за Русско-турецкой войны 1686-1700 гг. и связанными с ней препятствиями в поступлении новых иноков и оказании обители материальной помощи из России. В 1705 г. Константинопольский Патриарх Гавриил III вновь передал монастырь русским инокам во главе с уроженцем Новгорода архимандритом Варлаамом, перу которого принадлежал помянник, написанный им на украинском языке в 1705 г.[44] Одновременно было облегчено пребывание на Святой Горе паломников из России. Отец Варлаам энергично принялся за восстановление обедневшей обители. По его словам, все святогорские отцы, с благословения Константинопольского Патриарха Гавриила «советовавше с собою», решили, чтобы между разными греческими и болгарскими афонскими монастырями был один русский, «в котором бы могли находить приют все русские странники и богомольцы, для которых пребывание в греческих монастырях, по незнанию греческого языка, было во многих отношениях неудобно и затруднительно»[45].
Чтобы добыть средства на восстановление монастыря, игумен Варлаам в 1707 г. с жалованной грамотой отправился в Москву, где сообщил царю Петру I, что «вся братия в Пантелеймоновском монастыре исключительно теперь русская, но сам монастырь обретается в великой скудости и сосудов и риз построить и книг на что купить не имеется». Ему были выданы из царской казны щедрые пожертвования для монастыря, в том числе книги. В 1712 г. игумен Варлаам повторно приезжал в Москву и снова получил для монастыря все необходимое[46]. В 1709 г. на Афоне побывал иеромонах черниговского Борисоглебского монастыря Ипполит (Вишенский), увидевший в Свято-Пантелеимоновом монастыре только русских насельников.
Устроение Свято-Пантелеимоновского монастыря продолжал следующий настоятель обители игумен Киприан, происходивший из Харькова. В 1720 г. он приехал в Москву за помощью для монастыря и наряду с деньгами и церковной утварью привез книги. В это время