Только в 1879 г. обитель была официально открыта. 8 августа вышел соответствующий указ Святейшего Синода, а 8 декабря того же года Ново-Афонский монастырь получил высочайшее утверждение императором Александром II и специальный акт, подписанный наместником Кавказа главнокомандующим Кавказской армией Михаилом Николаевичем, подтверждавший «несомненную и неразрывную связь» Свято-Пантелеимоновского монастыря со своей «отраслью» – Ново-Афонской обителью. При этом великий князь приписал следующие строки: «О таковом Высочайшем соизволении объявляю вам, настоятель и братия Ново-Афонского Симоно-Кананитского монастыря, призывая благословение Божие на предстоящий Вам подвиг, да процветает новорожденная обитель в тишине и мире на берегах Абхазии, и да послужит она местному населению, пребывающему в дикости и невежестве, примером жизни мирной и труженической, образцами человеколюбия, кротости и терпения! Да воспитает школа, устроенная при обители, в молодом поколении из туземцев привычку к полезному труду и любовь к знанию, необходимому для земледельца». Так завершилось открытие Ново-Афонского монастыря[171]. В 9-м пункте акта о его учреждении говорилось, что «в случае смутных обстоятельств на Востоке и невозможности дальнейшего пребывания на Афоне, братство Пантелеймоновского монастыря получает убежище в новой обители, как отрасли своего монастыря»[172].
Утвержденный императором устав предоставлял широкие права монахам в миссионерской и хозяйственной деятельности, что дало новый толчок строительной деятельности. Кроме церкви Покрова Пресвятой Богородицы после окончания войны на прибрежной территории были воздвигнуты: корпус для размещения братии, большой дом для школы абхазских детей, несколько зданий для трапезы, просфорни, других разных монастырских служб и для приема поклонников, устроена пристань на прочных железных сваях, заведены два пчельника и проложены дороги. Везде требовалось преодолевать большие трудности: вырубить и очистить лес, на месте которого посеяна пшеница, посажены фруктовые сады, разбиты виноградники и огороды.
В 1880 г. началось восстановление из руин древнего Симоно-Кананитского храма, причем были приняты меры для сохранения его древнего облика: развалины тщательно очистили от мусора и щебня, восстановили местами обрушившиеся стены и покрыли храм куполом в византийском стиле. Пол был сделан деревянный, а иконостас поставлен резной дубовый; многие иконы для храма прислали с Афона. Освящение храма совершил в день памяти св. апостола