Возведение нижней части монастыря по проекту известного петербургского архитектора Н. Н. Никонова началось весной 1876 г. В марте состоялась закладка первых зданий. Так было положено начало Ново-Афонской Симоно-Кананитской обители. К 1 октября 1876 г. все заложенные здания были полностью готовы, и 17 октября состоялось освящение первого построенного храма во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Чин освящения совершил местный благочинный Сухумского отдела протоиерей Давид Мачавариани. В тот же день, 17 октября, была открыта мужская школа на 20 учеников для местных жителей – абхазцев, куда принимали преимущественно сирот на полное содержание монастыря. Во время праздника трое мусульманских мальчиков из числа ее воспитанников приняли святое крещение, а вся монастырская братия в количестве 20 человек, учитель с учениками и четверо молодых русских волонтеров, отправлявшихся на войну в Сербию, причастились св. Таин[167].
Но едва обитель возникла, как ей пришлось пережить тяжелые испытания. Так как она находилась вблизи границы с Османской империей, ввиду угрозы войны пришлось принять меры предосторожности. Только что созданная школа для абхазских детей 29 ноября 1876 г. по распоряжению местного начальства была закрыта, а ее ученики распущены по домам к своим родителям и опекунам, снабженные новой одеждой, бельем и обувью на средства обители. Одновременно братии пришлось выехать в Кутаисскую губернию в грузинский Гелатский Богородичный монастырь, в Ново-Афонской же обители остались для ее охранения иеромонах Иерон и монах Иоанн в качестве уставщика. Они продолжали ежедневно церковную службу всю зиму и весну, до самого начала Русско-турецкой войны 1877-1878 гг. Затем вследствие предполагаемого отступления российского Сухумского отряда в Цебельдинское укрепление на случай неудачного течения войны начальство предложило этим монахам оставить обитель, передав ключи и заготовленные строительные материалы жителям ближайших селений для сохранения на время войны. В результате иеромонах Иерон выехал в Кутаиси для присоединения к братии, а монах Иоанн остался в Сухуме, так как в городе этом был монастырский двор и некоторые оставшиеся вещи.
1 мая 1877 г. Сухум, а одновременно с ним и Ново-Афонский Симоно-Кананитский монастырь подверглись разорению и разграблению турецкими войсками и присоединившейся к ним частью абхазцев. Сухумский отряд 13 мая, оставив Цебельдинское укрепление и уничтожив все казенные запасы, двинулся в обход по горам для присоединения к Потийскому отряду. Монастырские вещи, находившиеся в районе расположения отряда недалеко от укрепления, подверглись уничтожению и разграблению со стороны