Для сколько-нибудь успешного продвижения в доказательствах естественного происхождения человека требовались прямые факты, которые могли представить палеонтологические исследования. Как отмечалось, к середине XIX в. были известны всего лишь две находки ближайшего предка гомо сапиенса: гибралтарский человек и неандерталец. Ископаемые находки предка человека были известны Дарвину, но он очень сдержанно высказался по поводу сенсационных открытий неандертальца одной безликой фразой: «…некоторые черепа весьма большой древности, например, знаменитый неандертальский череп, были хорошо развиты и объемисты». И все!
Трудно сказать со всей определенностью, почему обстоятельный Дарвин, уделявший много внимания фактическому обоснованию своих рассуждений, совершенно упустил из поля зрения, пусть даже фрагментарные, но очень ценные палеонтологические доказательства эволюционного происхождения человека. Данный факт тем более удивителен, что во введении к своему труду в числе основных целей на первое месте он ставит рассмотрение вопроса о происхождении человека, «подобно другим видам, от какой-либо ранее существовавшей формы».
Наряду с доказательствами родства человека с животными по материалам сравнительной морфологии, эмбриологии, психологии, широко обобщенным Дарвином, но имеющим косвенное отношение к утверждениям об антропогенезе как естественном процессе, данные палеоантропологии имели прямое эвристическое значение. По этому поводу сам Дарвин справедливо отмечал, что «глубокая древность человека» доказана в работах многих авторитетных авторов (Буше де Перт, Лайель, Лебокк), и считал эту часть проблемы решенной. Правда, он не обратил внимания на то, что эти исследователи показали раннюю историю человеческой цивилизации уже сформировавшегося гомо сапиенса, а не собственно эволюционное его происхождение от животных предков.
Приемлемым оправданием отсутствия у Дарвина не только анализа, но и сколько-нибудь заметного внимания к обнаруженным останкам предка человека, была крайняя скудость и неопределенность оценок палеонтологического материала. Возможно, некоторую роль сыграла и негативная позиция уважаемых им авторитетов, воспринявших открытия неандертальца с большой долей скептицизма. По всей видимости, Дарвин посчитал, что следует подождать обнаружения более убедительных данных в палеоантропологической летописи.
Другой причиной откладывания Дарвином исследований антропогенеза была задача убедить научную общественность в обосновании главного детища – концепции эволюции