Начав обучать в медресе, он стал задумываться о предмете, который преподавал, критично относился к урокам, выявлял недостатки в методах образования и отрекался от тех, которые противоречили здравому смыслу. Он также нашёл нужным изменить метод преподавания некоторых предметов, поведав об этом своему отцу. Не встретив возражений, Марджани ещё больше утвердился в своих взглядах и принял решение обучать некоторым предметам так, как посчитает нужным сам.
Прежде всего в преподавании внимание Марджани привлекла морфология, изложенная на персидском. Он волновался, когда ученикам приходилось осваивать правила арабского языка на основе персидских учебников, путаться между этими двумя языками. Он счёл нужным внести изменения и стал обучать детей на основе учебников, написанных им самим. Его младший брат Садрутдин так пишет об этом: «Марджани с детства задумывался над всем. Прежде чем приступить к какому-либо делу, он внимательно продумывал его, прокручивал у себя в голове. Поэтому ему было присуще не только не признавать, но и вносить изменения в то, что было распространено в те годы. Например, ему было 17 лет, когда он учился и начал обучать других в медресе нашего отца Бахаутдина.
Ему не нравились учебники арабской морфологии и синтаксиса тех времён, поэтому обучал этим предметам по-своему. Много лет у меня хранилась его книга по морфологии арабского языка, по которой он преподавал. Не знаю, куда она делась сейчас. Кроме этого он также написал довольно объёмную книгу для детей о видах поклонения, в которой приводились и разные дуа».
В нашей беседе с сыном Марджани Бурханутдин-хазратом он так обмолвился о том, что совершил его отец в медресе: «Когда он жил в деревне, Марджани не нравились книги по вероубеждению и поклонению, на основе которых шло обучение детей. Поэтому он намерился написать более простые и полезные учебники. Марджани даже однажды попытался осуществить эту идею до отъезда в Бухару. Сам он так писал об этом: «В молодости для некоторых старушек Ташкичу я написал маленькую брошюрку на нашем языке, посвящённую вероубеждению и поклонению. Но позже, когда я сам же захотел ознакомиться со своим трудом и методом написания, к сожалению, не смог найти эту книжечку»[18]. Такое желание было у Марджани до отъезда в Бухару, когда же он вернулся оттуда, то, будучи занятым написанием больших книг по исламскому праву, вероубеждению, истории, по всей видимости, он не мог найти возможности заниматься написанием школьных учебников. Поэтому он забыл об этом вопросе и по приезде из Бухары уже не занимался им.
В личном письме мулла Хабибуннаджар пишет: «В 12–13 лет Марджани написал брошюру о намазе на родном языке. Ныне покойный сын Марджани Махмуд приносил её в медресе и показывал нам, называя «юношеским трудом отца». Мы прочли брошюру, но нам и в голову не пришло переписать её. Если