Речная сеть Боливии принадлежит на западе бассейну внутреннего стока Альтиплано, а на востоке – бассейну Атлантического Океана. В северной, более влажной части Альтиплано, на высоте 3800 метров лежат два больших озера Титикака (6900 кв.км, северная часть которого принадлежит Перу) и мелководное Поопо, питающиеся водами Западной и Восточной Кордильер. Озера соединяются судоходной рекой Десагуадеро (длина 297 км), по которой ходили небольшие пароходы. На юг от Поопо лежат два больших солончака Койпаса и Уюни.
В ущелье Ла-Пас начинается другая река Десагуадеро, которая течет на восток и впадает в Бени. Реки восточной пуны в верховьях спокойны и извилисты, поскольку протекают в глубоких долинах. Их среднее и нижнее течение проходит через в каньоны Восточной Кордильеры, где водные потоки набирают стремительность. Южнее 17 южной широты в области сухого климата долины заполнены массой обломочного материала, и только две большие реки стекают с Восточной Кордильеры – Пилькомайо (длина 1200 км), правый приток Парагвая, и Парапети, теряющаяся в болотах Исосог. Остальные иссякают в конусах выноса. Главные реки северных равнин – Бени (длина 1500 км) и Маморе с притоком Гуапоре образуют при слиянии Мадейру, крупнейший приток Амазонки. В своем нижнем течении они преодолевают крупные пороги, прерывающие судоходную связь с Амазонией. Их многочисленные притоки образуют сложную сеть вяло текущих рек с озерами и болотами. В летне-осеннее половодье (декабрь-май) область льяно Мохос площадью в 120000 квадратных километров, расположенное между Маморе и Гуапоре, совершенно затопляется. Коммерческое судоходство в Боливии осуществлялось только на озере Титикака между портами Гуаки и Пуна.
Растительность Боливии различна в зависимости от климата и рельефа. Ксероморфный тип растительности преобладает в пунах. Он представлен жесткими дерненными злаками (ковыль), подушковидными (Azorella) и стелющимися по земле формами, кактусами и ксерофитными кустарниками тола в долинах. Эти виды растений приспособлены к долгой засухе, сильному испарению и значительному перепаду температур. Вокруг озер в изобилии встречается камыш тотора и галофиты в окрестностях солончаков. В защищенных от ветра котловинах пуны вызревают ячмень, люцерна, бобовые и различные овощи. По восточному склону Анд спускаются злаковые степи и заросли ксерофитов. С 1800 метров над уровнем моря начинаются горные низкорослые вечнозеленые тропические леса нефелогилеи. Их верхняя граница отмечена появлением ольхи, подокарпуса и Polylepis incana. Нефелогилеи отличаются обилием мхов, папоротников, других эпифитов и бамбука. Из произрастающих здесь деревьев наибольшее хозяйственное значение имеют хинное дерево, распространенное на высоте свыше 1500 метров к северу от 17 параллели. Ниже 1000 метров расположены гилеи – влажные тропические леса,