Последняя группа из трех человек, включая лейтенанта Lindley, появилась на поверхности в 18:15, проведя в затонувшей субмарине 23 часа. Ослабевшим до предела подводником боковую дверь открыть не удалось и группа 15–20 минут провела в шлюзовой камере, дыша воздухом из баллонов для аквалангов, ранее доставленных туда водолазами. К счастью, водолазам удалось открыть верхний люк камеры и подводники всплыли на поверхность вслед за воздушным пузырем. Морякам последней группы пришлось ожидать рекомпрессии около полутора часов из-за отсутствия свободной барокамеры. В ходе рекомпрессии радиооператор Oficial de Mar 2do Carlos Grande Rengifo, в течение многих часов обеспечивавший связь с водолазами, скончался. В общей сложности, из 52 человек, находившихся на борту «Пакочи», погибло семь.
Просьба об американской помощи была анулирована, когда первый самолет с Fly-Away Kit находился всего лишь в часе полета от Кальяо.
В ходе спасательной операции водолазы ВМФ совершили 50 погружений на глубину 27–41 м, используя акваланги и гидрокостюмы «мокрого» типа. Водолазы работали парами, находясь под водой по 20 минут с одной остановкой при подъеме для декомпрессии.
30 августа 1988 года начались работы по подъему «Пакочи», длившиеся 11 месяцев. Работы велись Спасательной службой ВМФ (Servicio de Salvamento de la Marina) при участии SIMA, изготовившей необходимое оборудование и ВМБ Кальяо. В этих работах участвовало более 70 водолазов, которые провели под водой 767 часов. Максимальное время нахождения водолаза под водой составляло 1 час, после чего он проходил декомпрессию в барокамере на течение 60 минут, затем он находился под наблюдением медиков 24 часа и в случае проявления признаков декомпрессионной болезни проходил пятичасовую лечебную рекомпрессию. В качестве водолазного судна использовался буксир B. A. P. “Dueñas”, на котором было установлено необходимое оборудование, включая барокамеру. Для подачи воздуха для спасательных нужд также испрользовалась ПЛ “Iquique”.
В середине сентября водолазы начали осмотр отсеков «Пакочи». К этому времени лодка лежала на грунте с дифферентом около 6° на корму и креном 3° на левый борт, при этом кормовая часть погрузилась в ил на глубину до четырех метров и полученные пробоины были недоступны. При осмотре кормовых отсеков были найдены и подняты на поверхность тела трех погибших членов экипажа.
В течение первых трех недель октября был разработан предварительный план подъема затонувшей субмарины. Предполагалось загерметизировать 6 неповрежденных отсеков, осушить их и межкорпусные балластные и топливно-балластные цистерны, а недостающую плавучесть (225 тонн) придать с помощью понтонов.
Герметизация отсеков оказалась нелегкой задачей – водолазам пришлось работать в полной темноте и крайне стесненных условиях, в каждом из отсеков им приходилось манипулироть 20–30 клапанами различных размеров и типов (их расположение изучалось на однотипной “La Pedrera”). Герметичность проверялась подачей воздуха с давлением, превышающее забортное на 0,1 кг/см2 через верхний клапан воздушной