Несмотря на приказ «приготовиться к оставлению корабля», борьба за живучесть лодки продолжалась под руководством спустившегося вниз командира. Из-за отсутствия электроэнергии использовать осушительный и дифферентовочный насосы для осушения затапливаемых отсеков возможности не было. Были продуты балластные цистерны и цистерна безопасности (safety tank) и по свидетельству находившихся на палубе членов экипажа это дало кратковременный эффект – корма привсплыла, но потом снова ушла вниз. Дифферент на корму быстро возрастал и стало очевидным, что лодка вышла из-под контроля, потеряв продольную остойчивость. Этому способствовала типичная для американских ПЛ безкингстонная конструкция цистерн главного балласта. Гибель лодки при затоплении более чем двух отсеков плюс цистерна легкого корпуса была неминуема.
Часть подводников в спасательных жилетах уже покинула носовой торпедный отсек, выйдя на верхнюю палубу через выходной люк. Видя, что гибель лодки неотвратима и пытаясь спасти оставшихся в отсеках людей, двое моряков попытались задраить с палубы выходной люк первого отсека, но нога одного из них попала под крышку люка и вода хлынула вниз. Решающей оказалась мгновенная реакция лейтенанта Котрины (Teniento Primero Roger Cotrina Alvarado). Приподняв изнутри люк, он освободил ногу и, несмотря на стремительно возросший до 45° дифферент и мощный поток воды, успел задраить люк. Лейтенант утверждал, что при этом он призвал на помощь Марию Петкович (Marija Petkovič, 1892–1966 гг. – известная своей благотворительной деятельностью католическая монашенка хорватского происхождения, глава Ордена Дочерей Милосердия). Это событие получило наименование «Чудо «Пакочи» и в июне 2003 года Папа римский Иоанн Павел II причислил Марию Петкович к лику блаженных.
В это время командир поднялся на мостик, чтобы доложить командиру дивизиона о сложившейся ситуации. Однако, сознавая, что в этой критической ситуации он должен находиться в центральном посту, командир устремился вниз, но едва он спустился в боевую рубку, как через ее верхний люк хлынул поток воды. Еще была возможность спастись, выбравшись наверх, но в отсеках лодки оставались люди и командир, жертвуя собой, успел задраить нижний люк рубки, предотвратив затопление центрального поста. Capitán de Fragata Daniel Nieva Rodríguez погиб, оставаясь верным лучшим морским традициям.
В 18:47, через семь минут после столкновения, лодка затонула на глубине 42 метра в точке с координатами 12°01.6'S, 77°10.0'W. Командир дивизиона подводных лодок, вахтенный офицер и еще 24 члена экипажа, находившиеся в этот момент на мостике и верхней палубе «Пакочи», оказались в холодной воде (13 °C) бухты Кальяо, покрытой слоем топлива из пробитых топливных танков лодки и тунцелова. Моряки, собравшись в компактные группы, ожидали спасения, трое из них вскоре погибли от переохлаждения. “Kyowa Maru” лег в дрейф в миле от места катастрофы, но его экипаж не предпринимал