В июне 1567 года Филипп II учредил комиссию из помощников судей242 для расследования предполагаемого заговора. Вице-королю Перальта велели возвратиться в Испанию, а замещать его было поручено судье Алонсо де Муньосу (другой судья, Гаспар де Харава, скончался во время плавания), но без принятия титула вице-короля. В марте 1567 года Перальта составил подробную докладную записку о проблемах, с которыми ему выпало столкнуться в ходе своего расследования243.
Муньос был полной противоположностью Перальте. Он отличался нетерпимостью и активно строил новые тюрьмы; эти «муньосские подземелья» начали возводиться еще до того, как судья добрался до Новой Испании. Шестьдесят четыре человека затем обвинили в заговоре, восемь из них приговорили к смертной казни (семерых фактически казнили), а остальные подверглись штрафам или ссылке из столицы. Шестерым criollos пришлось отправиться на галеры в Оран в Северной Африке. Братьев Бальтасара и Педро де Кесада, Кристобаля де Онате и Бальтасара де Сотело повесили, затем растянули на дыбе и четвертовали без каких-либо доказательств их вины. Слуг Алонсо де Авилы тоже казнили. Братьев Боканегра (Бернардино, Фернандо и Франсиско) выпороли и подвергли разновидности пытки водой. Никто из них не признался, поскольку им не в чем было признаваться. Бернардино де Боканегру освободили по апелляциям его матери и жены, однако ему предписали двадцать лет службы на королевских галерах и лишили всей собственности. Другие criollos удостоились менее суровых наказаний. Мартину Кортесу, второму маркизу дель Валье, и его брату Луису приказали вернуться в Испанию и предстать перед советом по делам Индий в качестве политических заключенных244. Луис был вынужден отслужить десять лет в Оране. Маркиза Мартина освободили от ответственности, но потребовали от него остаться в Испании. Его другого брата, Мартина эль-Бастардо, по-видимому, пытали, но позднее выпустили из тюрьмы, ибо, по словам вице-короля, «он мало в чем виновен»245.
На судей поступало столько жалоб, что король Филипп счел, что Алонсо де Муньос лишился рассудка. В итоге этот судья тоже лишился своей должности. Ему на смену пришли два лисенсиадо, доктор Луис де Вильянуэва и доктор Васко де Пуга, два младших судьи, ранее отстраненные от дел инспектором короны Вальдеррамой. Они сразу же вернулись в Новую Испанию. В монастыре Санто-Доминго в Мешико Вильянуэва сообщил Муньосу, что тот и его коллега Луис Каррильо более не являются членами верховного суда. Обоим бывшим судьям следовало немедленно отправиться в Испанию – в течение трех часов после получения извещения. Вместо того Муньос и Каррильо бежали