19 мая в Углич прибыла московская комиссия во главе с князем Шуйским, в которую входили митрополит Геласий, дьяк Елизарий Вылузгин и окольничий Андрей Клешнин. Шуйский был одним из самых последовательных и умных врагов Годунова. Окольничий Клешнин, которому потом многие приписывали идею убийства царевича, был зятем Григория Нагого, родственника царицы Марии. Глава Поместного приказа Вылузгин со своими подъячими занимался организацией следствия. Владыка Геласий, митрополит Сарский и Подонский, пользовавшийся большим авторитетом, представлял Церковь, которая обязательно участвовала во всех делах, связанных с царской семьей.
Комиссии пришлось расследовать два дела – о смерти царевича и об углицком мятеже. Были допрошены 140 свидетелей, показания которых занесены в протокол. Свидетелей допрашивали в присутствии царицы Марии, чтобы у нее была возможность опротестовать любое ложное показание.
Люди, которые постоянно находились рядом с царевичем, подтвердили, что Дмитрий издавна страдал падучей. Приступы болезни случались часто и длились иногда по несколько дней. Во время приступов мальчик становился сам не свой, никого не узнавал, впадал в ярость, кусался, и случалось, что откусывал пальцы у тех, кто пытался его держать. Последний приступ, начавшийся во вторник, 11 мая, длился почти три дня. Во время этого приступа царевич порезал ножом мать – царицу Марию. В субботу, 15 мая, приступ внезапно возобновился во время игры и завершился смертью царевича.
Установлено, что в тот день, в субботу, царевич играл с ножом. Показания свидетелей расходились только в одном: одни утверждали, что Дмитрий порезался при падении, другие говорили, что он наткнулся на нож, когда уже лежал на земле и бился в припадке. Смерть наступила быстро, поскольку лезвие перерезало сразу две важные шейные жилы – arteria carotis и venae jugulares, то есть сонную артерию и яремную вену. Истекая кровью, царевич продолжал биться в припадке, мешая перепуганным людям, которые пытались ему помочь.
Исследовав все факты, полученные во время допросов и очных ставок, комиссия пришла к выводу о ненасильственной смерти царевича Дмитрия.
Узнав о смерти царевича, царица Мария ударила в набатный колокол, а ее родственник Михаил Нагой призвал угличан к расправе над царским дьяком Битяговским сотоварищи, обвинив их в умышленном убийстве Дмитрия. Жители города взбунтовались, напали на правительственные учреждения и убили царских слуг.
Следствие выяснило, что во время гибели царевича Битяговский находился в другом месте, а Михаил Нагой узнал о происшествии со слов царицы Марии и решил под шумок свалить все на царских слуг, чтобы снять с семьи Нагих вину за то, что те недосмотрели за Дмитрием. Ну и, конечно, он был в отчаянии – смерть Дмитрия положила конец надеждам Нагих на московский трон.
Следствие также установило, что утром