Ряд критических замечаний Венецианской комиссии направлен на усиление принципа независимости судей, не исключая их ответственности перед законом. Подчеркивается необходимость уточнения функции „судебного надзора“ Верховного Суда и Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации. Португальский профессор Пиментель отмечал, что функция „надзора“ Верховного Суда и Высшего Арбитражного Суда за деятельностью нижестоящих судов противоречит мировой практике, в которой суды высшей инстанции осуществляют контроль за нижестоящими только посредством рассмотрения апелляций на их решения. Автор также считает, что установленный в Конституции порядок назначения судей федеральных судов „чреват опасностью чрезмерной политизации членов указанных судов, что может подорвать принцип разделения властей“.
Эксперты обратили внимание на отсутствие в Конституции определения функций и полномочий Прокуратуры, Уполномоченного по правам человека. Что касается Прокуратуры, то такой подход был продиктован его остро дискуссионным характером.
По мнению итальянского профессора Бартоле, излишняя лаконичность присуща главе 8 „Местное самоуправление“. В частности, в ней отсутствуют гарантии от ограничений местного самоуправления со стороны органов государственной власти. По предложению Бартоле в окончательном тексте Конституции восстановлено положение о необходимости учета местных обычаев и традиций при осуществлении местного самоуправления. Он также высказывал опасение, что, поскольку установление общих принципов организации системы органов местного самоуправления находится в совместном ведении Федерации и ее субъектов, это может привести к соперничеству между ними и, следовательно, к ограничению автономности и независимости местного самоуправления.
В главу 9 „Конституционные поправки и пересмотр Конституции“ по предложению Бартоле включено положение об одобрении поправок к главам 3–8 Конституции двумя третями от общего числа субъектов Российской Федерации. Эксперты отмечают, что народу не предоставлено право внесения предложений о поправках или пересмотре Конституции Российской Федерации, а также не сказано, кто и в каком порядке принимает решение о проведении всенародного голосования вместо принятия проекта Конституции Конституционным Собранием. В Конституции не указан порядок внесения в Конституцию изменения названий субъектов Федерации.
Как известно, Конституция Российской Федерации разрабатывалась в чрезвычайно сложных политических условиях, когда борьба между различными политическими силами вылилась в противостояние законодательной и исполнительной ветвей власти. Эта ситуация осложнялась определенными противоречиями между федеральной