1 января 1834 года игумен Игнатий был возведен в Казанском соборе Петербурга в сан архимандрита и здесь же принял настоятельство Сергиевой пустыни. Его ожидали неописуемые труды по восстановлению обители – внешнему и внутреннему. Самое местоположение монастыря было неудобным. Он стоял на перепутье людных дорог, ведущих из столицы в сторону Петергофа. Наконец, и климат обители, расположенной на берегу Финского залива, был сырым, насыщенным туманами. Строения монастыря находились в таком состоянии, что настоятель должен был поселиться в здании инвалидного дома, где и расположился в двух комнатах со своей братией, состоящей из восьми человек. Восстановление монастыря началось тут же по приезде отца Игнатия и продолжалось четыре года. Первым был возобновлен храм преподобного Сергия.
Внутренний порядок в жизни обители также требовал неусыпного внимания отца настоятеля. Было восстановлено уставное церковное богослужение, хоровое пение, благочиние во внешнем поведении монахов, которых ко времени приезда нового настоятеля было всего 13 человек. Все это пришлось архимандриту Игнатию взять на свои плечи и как администратору, и как руководителю духовной жизни. В его внешних трудах большой опорой для него был его друг, инок Михаил Чихачев.
Будущему епископу Игнатию было известно состояние монастырей. «Ослабела жизнь иноческая…» – пишет Святитель в строках своего «Плача». Мир, по слову его, «не может требовать от монастырей сильных иноков, подобных древним… <…> Но еще монастыри, как учреждение Святаго Духа, испускают лучи света на христианство… еще там… обретаются живые скрижали Святаго Духа»[45].
Сергиева пустынь и для внешнего, и для внутреннего делания архимандрита Игнатия была очень тяжела, но сам же он исповедал, что для того, «чтоб окрепли и возмужали в иноке евангельские свойства, нужны непременно скорби и искушения»[46]. Все это он усвоил из учения святых Отцов и наиболее говорил о «чудной системе», которую особенно основательно излагал преподобный Варсонофий Великий, говоривший, что инок, находясь в скорбях, в нуждах и утеснениях, болезнях и трудах – за все должен благодарить Господа.
О своем житии в Сергиевой пустыни сам Святитель пишет много и откровенно. «Негостеприимно приняла меня обитель – Сергиева пустыня, – изъясняет он плач души своей. – В первый же год по прибытии в нее, я поражен был тяжкою болезнию, на другой год другою, на третий третиею… …здесь я увидел врагов, дышущих жаждою погибели моей; здесь милосердый Господь сподобил меня познать невыразимые словом радость и мир души; здесь сподобил Он меня вкусить духовную любовь и сладость в то время, как я встречал врага моего, искавшего головы