Однако, согласно журналу посещений кабинета Сталина, ни Пронин, ни Щербаков 21 июня в кабинете не были, а последние посетители – Молотов, Ворошилов и Берия – покинули кабинет в 23:00. Еще раньше кабинет покинули Тимошенко и Жуков.
По версии Пронина около 3 ночи они поехали отдыхать: «Минут через двадцать мы подъехали к дому. У ворот нас ждали. "Звонили из ЦК партии, – сообщил встречавший, – и поручили передать: война началась и надо быть на месте"».
Однако в мемуарах Георгия Попова утверждается, что он узнал о начале войны в 4 утра на даче в Усово, его разбудили стуком в окно. Когда он оделся и выбежал из дома, то увидел у ворот машину «Линкольн»: «В ней находился секретарь ЦК, МК и МГК ВКП(б) А. С. Щербаков. Он сказал мне: "Война. Война началась. Немцы полчаса назад перешли наши границы"». Надо отметить, что Попов писал мемуары в 1966 году, незадолго до своей смерти, и рукопись в то время не была напечатана и не подвергалась правке, так что, возможно, его версия более соответствует действительности и никакого предупреждения московского партийного актива вечером 21 июня не было.
Некоторые исследователи утверждают, что 21 июня в Москве уже отсутствовал и Тюленев, поскольку был назначен командующим Южным фронтом, однако свою директиву № 01/ОП он издал только 25 июня, сославшись на директиву народного комиссара обороны № 04 от 24.6.41 г.
Пожалуй, единственным документом, который говорит о подготовке руководства СССР к возможному началу войны, является Директива № 1 от 21 июня 1941 года, которая была составлена Жуковым и Тимошенко. Как следует из журнала посещения Сталина, в 19:05 в кабинет пришел Тимошенко и покинул его в 20:15. Он вернулся уже вместе с Жуковым и Буденным буквально через полчаса, в 20:50, а вслед за ними вошел Мехлис, через полчаса эти четверо покинули кабинет с подписанной Директивой № 1. По воспоминаниям Жукова, «Н. Ф. Ватутин немедленно выехал в Генеральный штаб, чтобы тотчас же передать ее в округа. Передача в округа была закончена в 00.30 минут 22 июня 1941 года. Копия директивы была передана наркому Военно-Морского Флота».
Директива сообщала о возможном нападении немцев и предписывала «а) в течение ночи на 22 июня 1941 г. скрытно занять огневые точки укрепленных районов на государственной границе; б) перед рассветом 22 июня 1941 г. рассредоточить по полевым аэродромам всю авиацию, в том числе и войсковую, тщательно ее замаскировать; в) все части привести в боевую готовность. Войска держать рассредоточено и замаскированно; г) противовоздушную оборону привести в боевую готовность без дополнительного подъема приписного состава. Подготовить все мероприятия по затемнению городов и объектов».
Георгий Михайлович Попов
Из-за долгого процесса шифрования и дешифрования директива